朝鮮学校の教育や人事、財政には、北朝鮮と密接な関係にある在日本朝鮮人総連合会(朝鮮総連)の影響が指摘されるなど運営実態の不透明さが指摘されている。
拉致被害者の支援組織「救う会」の集計によると、平成21年度の補助金総額は計8億円を超えていた。国は25年に高校授業料無償化の対象外とすることを決定。文科省が公益性の観点などから支出の妥当性の検討を求める通知を出した28年には3億円を割り込んだ。ただ、近年は横ばいで推移している。
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