プライマーを注文する

昨日のことです。

１）リバイス中の論文のため、新しいプライマーを注文することになった。PubMedでひいたらちょうど私の元ボスが同じ遺伝子を調べていたので、論文があった。その配列をそのまま使おうと思ったが、念のためやはりPubMedでプライマーシーケンスの場所を確認しようとした。そしたら、「不一致」となった。

２）たまたま元ボスのさらに元ボスも同じ遺伝子を使った解析をしていた。プライマーシーケンスが論文に載っていたので、こちらを使おうと思い、念のため再度PubMedで場所を確認しようとした。そしたらまた「不一致」になった。

２報続けて同じことになったので、こりゃおかしいと、元の遺伝子のシーケンスから前述のプライマーの一部配列で再度検索したら今度は一致した。要は、２０ペースほどあるプライマー配列の一か所が誤っていたのです。それも２報とも。

今はPubMedがとっても便利になっているので、遺伝子そのものの配列もすぐ調べられるし、そこからプライマー設計もできます。だけどいくら理想的に設計しても走らない時は走らないものなので、論文になってて走ることが確認できているシーケンスを使うことも多いんです。ただ念のためそのプライマーの位置等を確認したりしてやはり自分で設計しなおす場合もあります。とはいえ、発表されているプライマーが間違ってる、という前提はなかったのでちょっとびっくり。

うーん、いろんな意味で気をつけなくちゃなあ。と思った次第です。