アセンブリ

プログラミング言語には、コンパイラを利用するものと、インタープリタを利用するものがある。それぞれの言語の例として、コンパイラを使用するものにC, C++, FORTRAN, Javaなどがあげられる。インタープリタ型言語には、Perl, Python, Rubyなどがあげられる。

このコンパイラとインタープリタについて、教科書で説明を探すと、まずそもそもの話しとして、｢2進数でプログラムを記述することは困難であるため、人間にとって設計しやすい言語としてアセンブリ言語が開発された｣と出て来る。

この｢アセンブリ｣なのだが、次世代シーケンスでのリードの解析にも登場するので、意味が混同して紛らわしい。

ここで言う｢アセンブリ｣とは、プログラミング言語での｢アセンブリ言語｣としてであって、｢アセンブリ言語｣とは、(以下、ウィキペディアから引用)、コンピュータ、マイクロコントローラ、その他のプログラム可能な機器を動作させるための機械語を人間に分かりやすい形で記述する、代表的な低水準言語である。なお、英語のassemblyとは｢組立｣という意味である。

なので、次世代シーケンスでのリードの解析での意味とは違いがある。

次世代シーケンスでの｢アセンブリ｣とは、｢配列アセンブル｣である。

｢配列アセンブル｣とは、シークエンサーから得られたリードの集合から、オーバーラップするリードをつないで元の配列を再構成していくプロセスを指す。