アミノ酸 語呂合わせ

アミノ酸を一文字で何と書くかは、暗記しなければならないが、その上でそれぞれのアミノ酸の特性（親水性と疎水性、酸性と中性、側鎖に硫黄Sを保有するもの、アミノ基NH2-を保有するものなど）も覚えておかなければならない。

正攻法で暗記するのは苦手なので、語呂合わせで頭に入れて、必要に応じて引っ張り出すというやり方をする。

泳げるサティ　泳げぬガブリフ

明日は土日、　狂ったEQ

サッカーはメッシ、　NHKはPOWER

泳げるサティ
泳げぬガブリフ
これは、親水性と疎水性で、
親水性は、S T Y (サティ）
疎水性は、G A V L I F (ガブリフ）です。
S セリン　T スレオニン　Y チロシン、
G グリシン　A アラニン　V バリン　L ロイシン　I イソロイシン　F フェニルアラニン、
というのは、覚えておかなきゃいけないんですけどね。
ただし、G グリシンは側鎖がただのH なので、疎水性というわけではありません。

明日は土日、
狂ったEQ
これは、「明日（あす）は」でアスパラ、土日でD N
なので、D アスパラギン酸　N アスパラギン
「狂った」でグルタミン、
なので、E グルタミン酸　Q グルタミン
側鎖に-COOH を持つアミノ酸、だったかな？
アスパラギンとグルタミンは、中性

サッカーはメッシ
これは、サッカーはＳ、つまり硫黄のことで、
メッシは、M C
側鎖に硫黄を持っているのは、M メチオニン　C システイン

NHKはPOWER
NHKのＮは、側鎖にNH2-のNだったかな、
そのあとは、H ヒスチジン　K リジン　P プロリン　W トリプトファン　R アルギニン
となります。
（テキストで確認したら、P はちょっと違うかな？）

あとは、必須アミノ酸で、
フロイト、メス、ヒバリ、
これは、
フェニルアラニン
ロイシン
イソロイシン
トリプトファン
メチオニン
スレオニン
ヒスチジン
バリン
リジン
以上の一文字目をつなげると、
フロイト、メス、ヒバリ、なわけです。

Java と JavaScript は同じじゃない

Java と JavaScript は、どちらもプログラミング言語だが、同じものではない。

JavaはSun Microsystem社、 JavaScriptはNetscape Communications社が開発したプログラミング言語である。なので、文法も違う。　

業務システムやアプリ開発をするなら、Javaが用いられる。

WebサイトやWebサービスを作りたいなら、JavaScriptが用いられることになる。

アセンブリ

プログラミング言語には、コンパイラを利用するものと、インタープリタを利用するものがある。それぞれの言語の例として、コンパイラを使用するものにC, C++, FORTRAN, Javaなどがあげられる。インタープリタ型言語には、Perl, Python, Rubyなどがあげられる。

このコンパイラとインタープリタについて、教科書で説明を探すと、まずそもそもの話しとして、｢2進数でプログラムを記述することは困難であるため、人間にとって設計しやすい言語としてアセンブリ言語が開発された｣と出て来る。

この｢アセンブリ｣なのだが、次世代シーケンスでのリードの解析にも登場するので、意味が混同して紛らわしい。

ここで言う｢アセンブリ｣とは、プログラミング言語での｢アセンブリ言語｣としてであって、｢アセンブリ言語｣とは、(以下、ウィキペディアから引用)、コンピュータ、マイクロコントローラ、その他のプログラム可能な機器を動作させるための機械語を人間に分かりやすい形で記述する、代表的な低水準言語である。なお、英語のassemblyとは｢組立｣という意味である。

なので、次世代シーケンスでのリードの解析での意味とは違いがある。

次世代シーケンスでの｢アセンブリ｣とは、｢配列アセンブル｣である。

｢配列アセンブル｣とは、シークエンサーから得られたリードの集合から、オーバーラップするリードをつないで元の配列を再構成していくプロセスを指す。

アノテーション

｢アノテーション」とは、ウィキペディアによれば、｢あるデータに対して関連する情報を注釈として付与すること。XML等の記述形式を用いてメタデータをタグ付けする場合が多い。付与したメタデータやたぐを指してアノテーションという場合もある。｣と説明されている。

一言で言うと、｢データに対する注釈｣のことだと簡単に考えていたが、実はそうではないことが分かってきた。現在、Clostridium perfringensという細菌種について、自分の研究室で分離した株の全ゲノム解析を行っているが、その解析結果のシーケンス情報のアノテーションが非常に複雑である。アノテーションを行うにあたっては、細菌のDNAからの遺伝子発現の機構について考えなければならない。細菌のDNAからの遺伝子発現において、以下の特徴がある。

1. 塩基3個で1つのアミノ酸が決まるので、3通りの読み取り枠が存在する。

2. DNAの2本鎖のどちらもセンス鎖となる。つまり、DNA上の遺伝子の走行方向は2通りある。

3. 開始コドンと停止コドンを見つけて、その間の塩基配列がタンパクをコードした遺伝子となる。

これら3つの特徴をふまえて、発現遺伝子をピックアップしていくのが、アノテーションとなる。

ひとまずここまで。

ボルダリング

今日の夕方にスポーツクラブでボルダリングをやった。

先週から始めたので、今日で二回目。

一回目は両腕がものすごい筋肉痛になったが、今日も筋肉痛。

人がやってるのを見ると簡単そうなのだが、自分でやってみるとすごく難しいのは、なんでも同じ。

怪我しないように気をつけて、ぼちぼち頑張る。