分解して分かったのは、内部のケーブルやソケット、USBポートの組み付けが良くなさそうということです。
USB-Cポートにドライブを接続していると不意に「不正な取り出し」の警告が出て切断されてしまうことについて観察してみたところ、iMacのケースと干渉してUSB端子が刺さりきっていないのではないかと疑ってみました。Appleのサポートからは、初期不良の交換品で症状が悪化していることについて話し合いましたが、また10日近く待たされてしまう上に、スペシャリストという人が「検証する部門に依頼するから1週間待ってくれ」というので待っていたら「検証部門に断られた」とのこと…
意を決して分解してみることにしました。
開けてみて整然と部品が並んでいて綺麗だと思ったのですが、本来ならカチっと噛み合うまで差し込まれているはずの端子が斜めになっていたり、メモリがスロットに確実に固定されているか、ちょっと怪しい感じでした。写真でもわかると思うのですが、2番目のメモリに黒い断熱材みたいなのが斜めに貼ってあって、しかし裏面は硬いシールになっていて輸送中にズレるような物ではなさそうです。

不具合の大半は組み立ての問題なのではないかと思ってしまいます。
せっかくなのでメモリを32GBに、HDDをSSDに交換しました。
マザーボードを筐体に固定するときには iFixitの説明にあった通りに裏側のUSBポートにケーブルを差してズレないようにしました。

iMacの分解は、OWCの解説を参考にしました。
How to Upgrade/Install Memory in a 21.5-inch iMac (2017)
モニターは養生テープで固定して、ひとまづ試運転中です。
USB接続のドライブが切断されることが起きていません。Lightwaveなどでのレンダリングでフリーズしていません。Thunderbolt3接続のCintiqPro24が起動時に認識するようになりました。そもそもiMacの起動が早くなって、リンゴマークまで10秒以下です。あとUSB-Cポートに端子を差し込んだ時の感触がジャリリ…という引っかかる感じからズコ。というハマった感じになりました。
Appleの組み立て段階での不注意が原因だったとは言い切れませんが、部品を組み付け直しただけで改善してしまったように感じてしまいます。
注文時にApplestoreでカスタマイズしたので、たぶん通常の生産ラインとは違うんだと思いますが、初期不良扱いの交換品でも、目で見てわかるほどソケットから端子がズレているのは組み立てのミスを疑ってしまいます。今の時代で30万円くらいのPCというのは安い方ではないと思います。
それから、自分で分解するとAppleの保証は受けられなくなります。今回は不具合の原因が組み付けにあるんじゃないかと疑って、しっかりケーブルが刺さっていなかったHDDを交換し、ソケットに固定されているか疑問を感じたメモリを交換し、USB端子と筐体の開口部位置のズレを修正しました。