1616 年にローマの異端審問所に初めて召喚されたとき、ガリレオは尋問されることはなく、地動説を支持しないよう警告されただけでした。また 1616 年に教会は、地球が太陽の周りを回るという理論を含む、ニコラウス コペルニクスの 1543 年出版の著書「天球の回転について」を禁止しました。太陽説が純粋に仮説として提示されるようにいくつかの小さな編集が行われた後、1620 年に教会の承認を得て再び許可されました。
ガリレオは教会との最初の出会いから16年後の1632年に『二つの世界システムについての対話』を出版し、教皇ウルバヌス8世は彼に対する新たな調査を命じました。この時は、ローマ異端審問の通常の方法に従って、彼は起訴されました。
まず、1633年4月12日、告訴される前に、ガリレオは宣誓のもとで自白を得ることを望み、自らについて証言することを強要された。これは異端審問の法規である適正手続きに違反するものであったが、異端審問では長い間標準的なやり方だったとケリー氏は述べた。しかし、尋問は成功しなかった。ガリレオはいかなる不正も認めなかった。
枢機卿たちは、罪を認めなければガリレオに対する訴えは極めて弱いものになるだろうと悟り、司法取引が行われた。ガリレオは、地動説の扱いが行き過ぎだったことを認めれば、軽い処罰で済むだろうと告げられた。ガリレオはこれに同意し、対話の中で地動説の擁護者よりも地動説の支持者に強い主張をしたと告白した。しかし、ガリレオは、自分が地動説を信じていたからそうしたのではないと主張したとケリー氏は語った。むしろ、単に自分の討論の腕前を披露しただけだと主張した。
その年の5月10日に行われた正式な裁判の後、ガリレオは「異端の強い疑い」で有罪判決を受けたが、これは実際の異端罪よりも軽い罪状だった。
「要するに、1616年の出来事は、よく言われるように17年にわたる裁判の始まりではなく、裁判ではなかったのです」とケリー氏は語った。「ガリレオの実際の裁判は、何の宣伝もなしに、たった1日のほんの一部しか続かなかったのです。」
ケリー氏はまた、当時の慣習では、ガリレオが異端を実際に信じていたことを否定する有罪答弁により、17世紀初頭に教会が採用した新しい手続きである拷問による彼の個人的な信念の自動的な調査が開始されたと指摘した。しかし、ガリレオが拷問を受けることはなかった。教皇は、尋問は拷問の脅しだけで止めるべきだと命じた。これはガリレオのような高齢で健康を害した人々にとって日常的な制限であり、科学者の支持者の影響によるものではない。
結局、ガリレオの著書は発禁となり、教会の異端審問官の裁量で軽い懺悔と投獄を宣告された。投獄されてから 1 日後、彼の刑罰は終身「別荘拘禁」に減刑された。彼は 1642 年に亡くなった。
ケリー氏によると、ガリレオは晩年、太陽系の地動説が真実であると主張していた。判決で地球の運動を正式に否定した後、「それでも地球は動いている」とつぶやいたという話は、後世のロマンチックな創作だという。
「もし彼が、一度は地動説を信じないと誓った後に、地動説を信じていると公言していたら、自動的に死刑判決を受ける可能性があっただろう」とケリー氏は語った。
しかし、教会はガリレオの科学的信念の自分たちの解釈が確実に広まるよう努力した。
「この裁判で最も異例な点は、判決が科学界で広く公表されるよう命じられたことだ」とケリー氏は語った。「枢機卿らは、ガリレオは宇宙に関する信念において常に正統派であり、太陽中心説の異端を信じたり肯定したりしたことは一度もないと主張した。」
