一般選考は28枠に明治神宮大会枠1枠を加えた29校、21世紀枠が3校、合計32校が出場となる。
21世紀枠は、愛知の豊橋工、和歌山の桐蔭、愛媛の松山東の3校に決定。初出場となる豊橋工以外は、桐蔭が53年ぶり、松山東が82年ぶりと古豪を選出する形となった。
選出校は次のとおり。
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【北海道】
東海大四 （北海道）14年ぶり６回目
【東 北】※明治神宮大会枠含む
仙台育英 （宮 城）２年ぶり11回目
大曲工 （秋 田）初出場
八戸学院光星（青森）２年連続８回目
【関 東】
浦和学院 （埼 玉）２年ぶり10回目
木更津総合（千 葉）44年ぶり２回目
常総学院 （茨 城）２年ぶり８回目
健大高崎 （群 馬）３年ぶり２回目
【東 京】
東海大菅生（東 京）９年ぶり３回目
二松学舎大付（東京）11年ぶり５回目
【東 海】
静 岡 （静 岡）16年ぶり14回目
県岐阜商 （岐 阜）２年ぶり７回目
【北信越】
敦賀気比 （福 井）２年ぶり６回目
松商学園 （長 野）24年ぶり16回目
【近 畿】
天 理 （奈 良）３年ぶり23回目
立命館宇治（京 都）５年ぶり３回目
龍谷大平安（京 都）３年連続39回目
奈良大付 （奈 良）初出場
大阪桐蔭 （大 阪）２年ぶり７回目
近 江 （滋 賀）３年ぶり４回目
【中 国】
宇部鴻城 （山 口）12年ぶり２回目
岡山理大付（岡 山）17年ぶり５回目
米子北 （鳥 取）初出場
【四 国】
英 明 （香 川）初出場
今治西 （愛 媛）２年連続14回目
【九 州】
九州学院 （熊 本）３年ぶり６回目
糸 満 （沖 縄）初出場
神村学園 （鹿児島）２年連続５回目
九産大九州（福 岡）16年ぶり２回目
【21世紀枠】
豊橋工 （愛 知）初出場
桐 蔭 （和歌山）53年ぶり16回目
松山東 （愛 媛）82年ぶり２回目
≪補欠校≫
【北海道】
北 海
【東 北】
鶴岡東 （山 形）
花巻東 （岩 手）
【関 東】
東海大甲府（山 梨）
平塚学園 （神奈川）
【東 京】
関東一
法政大高
【東 海】
いなべ総合（三 重）
日大三島 （静 岡）
【北信越】
富山第一 （富 山）
中 越 （新 潟）
【近 畿】
箕 島 （和歌山）
北大津 （滋 賀）
【中 国】
宇部商 （山 口）
関 西 （岡 山）
【四 国】
明徳義塾 （高 知）
高 知 （高 知）
【九 州】
明 豊 （大 分）
東福岡 （福 岡）
【21世紀枠】
平 田 （島 根）
金沢商 （石 川）
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各地域の最後の1枠は激戦に。東北は秋季大会ベスト4の八戸学院光星（青森）と鶴岡東（山形）、2度延長15回を戦った花巻東（岩手）の3校で最後の1枠争い。優勝した仙台育英に惜敗した点が評価されて八戸学院光星がラスト1枠をゲットした。
関東・東京は関東大会ベスト8の東海大甲府（山梨）と東京大会準優勝の二松学舎大附の争い。前年では予想を覆して横浜が選出され、東京勢2校目の選出はならなかったが、今年は東京勢に軍配。安定した総合力を買われて、二松学舎大附が関東・東京の6校目へ滑り込んだ。
近畿は、まずベスト8の大阪桐蔭（大阪）、ベスト4の奈良大付（奈良）を4、5番目に選出。最後の1枠を近江（滋賀）、箕島（和歌山）、北大津（滋賀）のベスト8組と1回戦敗退も兵庫県大会優勝の神戸国際大付（兵庫）との間で争われたが、近江が最後の切符をもぎ取った。
中国・四国地区は6枠。中国大会ベスト4の米子北（鳥取）と四国大会ベスト4の明徳義塾（高知）でラスト１枠を争い、中国大会優勝の宇部鴻城（山口）に0-1で惜敗した点を加味して、米子北が6枠目に選出された。
九州は、最終的には九州大会4強で落ち着いた。4校目に選出された九産大九州（福岡）は準決勝で優勝した九州学院（熊本）にコールド負けしたこともあり、準優勝の糸満に準々決勝で惜しくも敗れた明豊（大分）、準々決勝で神村学園に延長で敗れた東福岡（福岡）、初戦敗退ながら優勝した九州学院に6-7と最後まで苦しめた海星（長崎）まで可能性が広がった。だが、結果ほど試合内容に差がなかったという理由で、最後の1校は九産大九州に落ち着いた。
21世紀枠は実績がそのまま選考に反映されるとも限らないことから、例年通り難航を極めた。東日本から豊橋工（愛知）、西日本から松山東（愛媛）を選出した後、3枠目は“高校野球を草創期から支え発展に貢献し、高校野球100年の節目の年に評価したい”という意見から、旧制和歌山中の流れを汲む桐蔭を選出。ただ、ここで歴史を評価に採り入れてしまうと、新興や中堅校より古豪が優先される前例を作りかねず、「恵まれない野球環境の克服、文武両道の実践、積極的な地域貢献活動など他校の模範となる学校を選ぶ」という定義に沿わないのではないかとも。
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明治神宮大会を制した仙台育英（宮城）、連覇に挑む龍谷大平安（京都）、夏春制覇を狙う大阪桐蔭（大阪）、スカウト注目の右腕・高橋純平擁する県岐阜商（岐阜）、昨夏準決勝で優勝した大阪桐蔭に敗れた時のエースが残る敦賀気比（福井）、仙台育英に明治神宮大会決勝で接戦を演じた浦和学院（埼玉）といった実力校に加え、大曲工（秋田）、奈良大付（奈良）、米子北（鳥取）、英明（香川）、糸満（沖縄）、豊橋工の6校の初出場校が、甲子園という舞台で紫紺の大優勝旗を目指すことになる。
また、神奈川、兵庫、広島と野球強豪県として知られる県からの出場がないのも印象的。21世紀枠はすべて公立高校。豊橋工は愛知県3位（東海大会出場）、桐蔭は和歌山県8強、松山東は愛媛県準優勝（四国大会出場）の実績がある。
優勝予想などは、後日組み合わせが決定した時にでも。
