また、新型コロナウイルス感染症（Covid-19）にかかった後、長期にわたって後遺症が続くこと（「Long Covid」と呼ばれる）にも、腸内細菌の不均衡が関連している可能性があるという。
重症化するかどうかを分ける要因の一つが、SARS-CoV-2への感染に対して、免疫系が過剰反応、「サイトカインストーム」を起こすかどうかだ。この反応が、呼吸困難や過度の炎症による複数の臓器の損傷などを起こし、重症化につながる要因となっている。
善玉菌と症状に関連性？
細菌叢の研究が専門の香港中文大学の黃秀娟教授と研究チームは、腸内フローラのバランスが崩れていることが、重症化を招く可能性について調査を行っている。
黃教授は、「免疫の防御機能を調節していることが確認されている善玉菌が不足していた」と説明している。
抗生物質の使用の有無や年齢など、腸内フローラの構成に影響を与える可能性がある要因を考慮すると、重症化と（善玉菌の）フィーカリバクテリウム プラウスニッツイ（フィーカリ菌）、ビフィドバクテリウム ビフィダム（ビフィズス菌）が少ないことに、有意な関連性があることが示されたという。
