Windows CEにおけるFATファイルシステムのディスクキャッシュ設定は、HKEY_LOCAL_MACHINE\System\StorageManager\Profiles\\FATFS レジストリに設定用レジストリ値を追加することで実現ができます。
例えば、SDメモリの場合:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\System\StorageManager\Profiles\SDMemory\FATFS]
"EnableCache"=dword:1
"FatCacheSize"=dword:800
"DataCacheSize"=dword:800
のように設定することで、1024KBのキャッシュを設定できます。
サイズについては、ここを参照してください。
更に遅延書込みに関しては、LazyWriterThreadPrio256 レジストリにて遅延書込みスレッドのスレッド優先度を設定することができます。
以下に詳細なレジストリ設定の説明が記載されています。
Registry Settings for FATFS Disk Caching