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森の里ホームズのブログ

コロナウイルスは自然界で一般的に観察されることのないゲノム進化

ウイルスは人工的に作られることは常識になっています。

特にRNAウイルスの改変は人工的に容易にできます。
SARS-CoV-2分離株のうち、スパイクタンパク質に多くのアミノ酸変異を持つオミクロン変異体に注目し、SARS-CoV-2オミクロン変異体の形成は自然発生的にも起こります(特にワクチン接種者で長期的にウイルスを保持している人に起こりやすい)が、人工的にも機能獲得実験で簡単に作り出せます。

https://blog.goo.ne.jp/morinosatoh/e/4e4a763a5b88e3d16c5af5899d2cbe0e

の記事にもありますように、

武漢型とオミクロン型のキメラウイルスを作ってマウスで病原性を調べた研究で、
オミクロン(BA.1)型スパイクだけを武漢型に組み込んだOmi-Sウイルスは、オミ型と同様にワク接種者の中和抗体を回避し、武漢型と同程度の病原性を示したそうです。

武漢型 100%死亡(6/6)
オミクロン 0%死亡(0/10)
Omi-S  80%死亡(8/10)

つまり、病原性をもコントロールできるということです。

最近、オミクロン株BA.1、BA.1.1、BA.2の一部が形成されたのは、変異の蓄積や相同組換えといった自然界で一般的に観察されるようなゲノム進化の産物ではないと結論されています。

京都大学 医生物学研究所 宮沢孝幸(Takayuki Miyazawa)氏
大阪医科薬科大学, 研究支援センター, 助教 田中 淳 (Tanaka Atsushi) 氏

の研究成果です。

Unnaturalness in the evolution process of the SARS-CoV-2 variants and the possibility of deliberate natural selection

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2型(SARS-CoV-2)は、過去3年間にパンデミックを繰り返し、アルファ型からオミクロン型まで様々な変異型が発生している。本研究では、SARS-CoV-2分離株のうち、スパイクタンパク質に多くのアミノ酸変異を持つオミクロン変異体に注目し、SARS-CoV-2オミクロン変異体の形成に至る進化過程を明らかにすることを目的とした。SARS-CoV-2オミクロン変異体の形成に至る変異の順序を明らかにするため、オミクロンBA.1関連129株、BA.1.1関連141株、BA.2関連122株の塩基配列を比較し、SARS-CoV-2オミクロン変異体の形成に至る変異の順序や相同組換えの発生など、SARS-CoV-2オミクロン変異体の進化過程の解明に努めた。
その結果、オミクロン株BA.1、BA.1.1、BA.2の一部が形成されたのは、変異の蓄積や相同組換えといった自然界で一般的に観察されるようなゲノム進化の産物ではないと結論した。さらに、オミクロン変異体BA.1およびBA.2の35の組換え分離株の研究から、オミクロン変異体が2020年にすでに存在していたことが確認された。ここで示した解析は、オミクロン変種がこれまでの生物学では説明できない全く新しいメカニズムで形成されているということであり、SARS-CoV-2変種がどのように形成されたかを知ることは、SARS-CoV-2パンデミックの再考を促すものである。】


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