『RとStanではじめる ベイズ統計モデリングによるデータ分析入門』(講談社2019年)でつまずいたところを備忘録として書き残す。(その1)
2022年10月10日にて使用した環境
第四章にてStanの基本を習いますが、p118のMCMCの実行がひとやまです。
しかし、どうやってもうまくいかない。
(実行結果)
ほかにもうまくいかない人の事例をググってみたら、まずはこれがヒットした。
(参考)
RとStanを用いてMCMCを実行できません!
これを参考に、インストールするプログラムをCドライブの直下に配置し、Rstudioを再起動。
しかしながら、再度同じエラーとなる。そこで、再度グーグル先生に尋ねる。
(参考)
rstan がWindowsで動作しない問題の解決
ここで、rstanのバージョン2.21がうまく動かないとのことで、バージョンを2.19.3にさげることで解消するらしいとのこと。
但し、現在はここに記載された通りではエラーとなってしまうので、一部修正して対応。
(導入作業手順)
こののち、期待した処理結果で完了。
ということで、2022年10月15日時点での稼働した環境
2022年10月10日にて使用した環境
R:4.2-1 for windows
Rstudio:2022.07.2 Build576
rstan:2.21.7
Rtools:version 4.2
第四章にてStanの基本を習いますが、p118のMCMCの実行がひとやまです。
mcmc_resule <- stan (
file = "/book-data/2-4-1-calc-mean-variance.stan",
data, = data_list,
seed = 1,
chains = 4,
iter = 2000,
warmup = 1000,
thin = 1
)
しかし、どうやってもうまくいかない。
(実行結果)
Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file26fc2e037d35.o:file26fc2e037d35.cpp:(.text$_ZN3tbb8internal26task_scheduler_observer_v3D0Ev[_ZN3tbb8internal26task_scheduler_observer_v3D0Ev]+0x1d): undefined reference to `tbb::internal::task_scheduler_observer_v3::observe(bool)'C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file26fc2e037d35.o:file26fc2e037d35.cpp:(.text$_ZN3tbb10interface623task_scheduler_observerD1Ev[_ZN3tbb10interface623task_scheduler_observerD1Ev]+0x1d): undefined reference to `tbb::internal::task_scheduler_observer_v3::observe(bool)'C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file26fc2e037d35.o:file26fc2e037d35.cpp:(.text$_ZN3tbb10interface623task_scheduler_observerD1Ev[_ZN3tbb10interface623task_scheduler_observerD1Ev]+0x3a): undefined reference to `tbb::internal::task_scheduler_observer_v3::observe(bool)'C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file26fc2e037d35.o:file26fc2e037d35.cpp:(.text$_ZN3tbb10interface
Error in sink(type = "output") : invalid connection
ほかにもうまくいかない人の事例をググってみたら、まずはこれがヒットした。
(参考)
RとStanを用いてMCMCを実行できません!
これを参考に、インストールするプログラムをCドライブの直下に配置し、Rstudioを再起動。
しかしながら、再度同じエラーとなる。そこで、再度グーグル先生に尋ねる。
(参考)
rstan がWindowsで動作しない問題の解決
ここで、rstanのバージョン2.21がうまく動かないとのことで、バージョンを2.19.3にさげることで解消するらしいとのこと。
但し、現在はここに記載された通りではエラーとなってしまうので、一部修正して対応。
(導入作業手順)
> packageVersion("rstan")
> detach("package:rstan", unload=TRUE)
> install.packages("devtools")
> require(devtools)
> install_version("rstan", version = "2.19.3", repos = "https://cran.r-project.org/")
> library(rstan)
> packageVersion("rstan")
こののち、期待した処理結果で完了。
ということで、2022年10月15日時点での稼働した環境
R:4.2-1 for win
Rstudio:2022.07.2 Build576
rstan:2.19.3
Rtools:version 4.2