diffでは、行末の改行は無視して比較するようです。
■file1.txt
abc<LF>
def<LF>
■file2.txt
abc<LF>
def
% diff file1.txt file2.txt; echo $?
0
ということで、行末の改行は無視して比較されています。
■file1.txt
abc<LF>
def<LF>
■file2.txt
abc<LF>
def
% diff file1.txt file2.txt; echo $?
0
ということで、行末の改行は無視して比較されています。