ミニマムゲノムファクトリー論文覚書

Reyes-Prieto-2021_The Metabolic Building Blocks of a Minimal Cell

・最小代謝ネットワークの構成要素を同定し、KEGGデータベースと関連付け、MetaDAG法を適用して代謝ビルディングブロック（MBB）を決定し、その代謝有向非周期グラフ（m-DAG）を再構成した。この代謝ネットワークの反応グラフは、80の化合物と98の反応から構成されており、m-DAGは36のMBBから構成されている。

 

Luo-2021_Compacting a synthetic yeast chromosome arm

・SCRaMbLEベースのゲノム圧縮法（SGC）を開発し、合成染色体アーム（synXIIL）を効率的に縮小できることを実証した。

・synXIIL中の65個の非必須遺伝子のうち少なくとも39個が、栄養培地中で30℃で細胞の生存性に影響を与えることなく、まとめて除去することができることを明らかにした。

・28個の遺伝子をコードする合成配列の約40%は、30℃の栄養培地での細胞増殖には不要であることが判明し、特定の条件下で機能が必要とされるいくつかの遺伝子が同定された。

 

分裂酵母 Schizosaccharomyces pombe 論文覚書

Malecki-2016_Functional and regulatory profiling of energy metabolism in fission yeast

・エネルギー代謝経路に機能するほとんどの遺伝子の転写産物レベルは、発酵細胞と呼吸細胞の代謝フローの違いを反映して、一貫して調整されていることがわかった。

・分裂酵母のアセチル-CoA合成には、クエン酸リアーゼではなくアセチル-CoA合成酵素が必須であることを明らかにした。

・ミトコンドリアの機能不全による損傷を回避するためには、核内遺伝子群の協調的な制御が必要であることが明らかになった。

Schuh-2020_Network Design and Analysis for Multi-Enzyme (Dissertation)

・任意の基質から目的の製品への代謝経路を見出すアルゴリズムを提案する。また、代謝ネットワーク再構築のための包括的なワークフローも紹介する。分裂酵母もモデルの一つとして使っている。