ミニマムゲノムファクトリー論文覚書

Reyes-Prieto-2021_The Metabolic Building Blocks of a Minimal Cell

・最小代謝ネットワークの構成要素を同定し、KEGGデータベースと関連付け、MetaDAG法を適用して代謝ビルディングブロック（MBB）を決定し、その代謝有向非周期グラフ（m-DAG）を再構成した。この代謝ネットワークの反応グラフは、80の化合物と98の反応から構成されており、m-DAGは36のMBBから構成されている。

 

Luo-2021_Compacting a synthetic yeast chromosome arm

・SCRaMbLEベースのゲノム圧縮法（SGC）を開発し、合成染色体アーム（synXIIL）を効率的に縮小できることを実証した。

・synXIIL中の65個の非必須遺伝子のうち少なくとも39個が、栄養培地中で30℃で細胞の生存性に影響を与えることなく、まとめて除去することができることを明らかにした。

・28個の遺伝子をコードする合成配列の約40%は、30℃の栄養培地での細胞増殖には不要であることが判明し、特定の条件下で機能が必要とされるいくつかの遺伝子が同定された。