2020.07.09 MONAI導入

深夜、警報音が鳴り響きUPS（無停電電源装置）が故障...
Windows10 updateでEdgeが微妙、Citrixアプリが動かなくなっているしツイテナイな。
いや、大事な計算中じゃなかったので良かったのか？？　

前回に引き続き、MONAI導入の備忘録。
まずはGit for Windowsのインストール　基本的にデフォルトのままで。
次に、コマンドプロンプト経由でAnacondaの仮想環境をクローン。
ｙｍｌファイルを書き出して、新しい仮想環境を再構築。
MONAIのサイトの通りに　git cloneして、できたディレクトリに移動して仮想環境をactivate
で、ここからが失敗例
pip install -e '.[all]'
> ERROR: '.[all]' is not a valid editable requirement. It should either be a path to a local project or a VCS URL (beginning with svn+, git+, hg+, or bzr+)
...なんだよ？欲張りすぎたのか？
pip install -e '.[nibabel, skimage]'
>ERROR: Invalid requirement: "skimage]'"
...は？？
pip install -e
>Usage:
pip install [options] <requirement specifier> [package-index-options] ...
pip install [options] -r <requirements file> [package-index-options] ...
pip install [options] [-e] <vcs project url> ...
pip install [options] [-e] <local project path> ...
pip install [options] <archive url/path> ...
-e options reuires 1 argument
んんん～～、あ！
pip install -e .
>
>
Successfully installed future-0.18.2 monai
えーと、確認は
python -c 'import monai; monai.config.print_config()'
>File"<string>", line 1
'import'
SyntaxError: EOL while scanning stirng literal
ダメだ、これわからないヤツだ。というわけで、普通にPythonに切り替えて
import monai
monai.config.print_config()
>MONAI version: 0.2.0+17.g34d2a70
略
Pytorch Ignite version: NOT INSTALLED or UNKNOWN VERSION
以下略
よし！次はrecommended dependenciesの導入だ！exit()でPython終了して、
pip install -e '.[all]'
＞32行戻る
...何が悪い？？？もういいや、取りあえず
pip install -e .[all]
>
Obtaining file://C:/Users/xxx/MONAI
Installing build dependencies ... done
Getting requirements to build wheel ... done
以下略
やった！！

これでなんとか動くハズ！？？？
次は3次元セグメンテーションの練習かな。