【覚書】10.8にFinkをインストール

OS X Mountain Lion（10.8）にFinkをインストール。
2009年夏にSnow Leopard（10.6）にしてから実に３年。
そろそろiCloudも使おうかということで、２段階UP。

OS自体は、最初は10.6→10.8の上書きインストールをしたものの
Xcodeが新旧２つできてしまったり具合が悪かったので、
結局10.8をクリーンインストールすることに。

→ というわけで、10.8クリーンインストール後のFinkの入れ方です。

【Finkを入れる前に】

OS X 10.8をインストールしたら、

●App Storeで Xcode.app を入れる（無料）
10.8では、Xcode.appは /Applications に入る。
10.6だと、/DevelopperTools/Applications/Xcode.app
＝10.6からの上書きインストールだと、/DevelopperToolsにも元のXcodeが残っている。
　旧OSでXcodeをDockに置いてた場合、ともすると懸命に古いのを動かしてることも…（実証済み）

●Xcode.app経由でMountain Lion 用のコマンドラインツールを入れる
Applications/Xcode.app のメニューバーから
Xcode > Open Developper Tools > More Developper tools...

→（ブラウザに飛ぶ）Apple IDでログイン
→Comand Line Tools (OS X Mountain Lion) for Xcode をインストールする。
※ これを飛ばすと、./bootstrap の最初の方でgccが無いとかで弾かれて終わる

●XQuartz を入れる　（もしかしたらこれは必須ではないかも）
ここから。http://xquartz.macosforge.org/landing/
XQuartz は、/Applications/Utilities/ に入ります。

【Fink本体のインストール】

●Fink から、最新のインストーラを落とす。Fink-Download Fink Source Release

●解凍し、できた fink-0.3x.x フォルダにcdして、
./bootstrap（↓）

(1) Use sudo
(2) Use su
(3) None, fink must be run as root

デフォルト[1]で。パスワードを聞かれる。
↓
Java Runtime SE が居る、今すぐインストールしますか？と
ダイアログで聞かれる。→「はい」→インストール開始。
（既にJava for mac 2012-004が入っていれば聞かれない）
ターミナルには「./bootstrapをしたければ Java SDK入れてー」と表示される。
↓
再度、新しくターミナルウィンドウを立ち上げて ./bootstrap
↓
インストール先はどうする？ → /sw（デフォルト）
↓
以下、デフォルトのままenter連打で。

※「32bitにする？それとも64bit？」と聞かれることはなくなりました。
※10.7からは unstable/stable の扱いがなくなったそうで、
unstableを使いたければどうこう、もなくなりました。
　（途中でそういうメッセージが出てくる）
※ 途中で「UIDとGIDを設定できるんだけど」というような、これまで多分なかったメッセージが出る。とりあえず[Y]（デフォルト）。
↓
（けっこうかかる）
↓
新しくターミナルを開いて、/sw/bin/pathsetup.sh（環境変数の設定）
自分のホームに「./profile」を作るけどいいかい？→Yes
すぐ終了。
↓
また新しくターミナルを開いて、
fink selfupdate; fink index; fink scanpackages
（Passを聞かれる）
↓
おしまい。

あとは、また新しいターミナルウィンドウから、

fink install パッケージ名　：ソースパッケージの場合。
apt-get install パッケージ名　：バイナリパッケージの場合。
apt-get remove パッケージ名　：パッケージを削除する場合。

お好きなものを。

とりあえず、wget, ghostscript は動いてます。

【覚書】QGIS 1.8.0のインストール on Mac

QGISの1.8がリリースされてたので。
以前の記事に、Finkでもできるよーとのコメントをいただいたものの
うまくいかなかったので、今度もGUIにてインストール。

Mac版QGISのインストールはあれこれ必要だけれど
あれこれ入れさえすればどうにかなります。
試した環境＝MacOS 10.6.8
（Lion, Leopardでも可、DLの際はバージョン注意）
オプションのGRASSも付けました。

QGIS本家 > Mac版のDLページ より。

【QGISに必要なもの】
必要：
・GDAL Complete 1.9 framework package
・GSL framework v1.15-2

オプション:
・GRASS 6.4.2　…　GRASSを入れました。
・Python Modules for plugins …　これは入れなかった。

本体：
・QGIS 1.8.0-2

【GRASSに必要なもの】 （GRASSが要らなければ不要）
・GDAL Complete 1.9 framework package（前掲、QGIS本体にも必要）
・FreeType framework v2.4.9-1
・cairo framework v1.12.2-1
・PIL（Python Imaging Library）1.1.7-4
　　　※ PILに必要なもの
　　　　FreeType framework（前掲、GRASS自体に必要）
　　　　UnixImageIO framework v1.4.0 （GDAL Framework に含まれる）

とりあえず、下線の付いたのをDL、インストールすればOK。
GRASSも入れる場合は、GRASSのrequireに従って
GDAL, GSL framework を入れてからGRASS関連を入れるのが良さそうです。

GISのdbfファイルを編集（非Excel）

GISの属性データが入っているdbfファイルを、Excel以外で編集する方法。
GISソフト上でもカラムの追加はじめ編集はできるものの、
ファイルが大きかったりがっつり入力したかったりetc.、
表計算ソフト上で扱いたくなる場面も多々あるので。
（参考にしたのはこちら・EXCELによる属性データファイル(DBF形式）の編集について）
　EXCEL2007から，DBF形式でのファイルの保存ができなくなりました。
　とのこと。
　ていうかMac版のExcelでははなから蚊帳の外だったのですが。

使ったソフト：いずれもフリー
　QGIS 1.7
　NeoOffice 3.1.2 （3.2以上は寄付が必須らしい）
　※ OpenOfficeでも同じようなことができる気がしますが試してません
（私の環境：Mac OS 10.6.8）

０）とあるshpファイルの属性テーブル

QGISで属性テーブルを開いたところ。これを編集。

１）○○○.dbf のファイルをNeoOfficeで開く（→文字コードを聞かれる）
一行めをよく見ると、GIS上で見る属性の他に、NやCとか数字が付いている
・Nは数値、Cは文字列(Charactar)。
・その後の数字は、欄の桁数（２つ数字が続くときは小数点以下の桁数、たぶん）
　　…と推測。（GIS上でフィールド追加するときに聞かれますな）

２）上記のルールに倣って、フィールド（列）を追加してみる
欄を追加っていうか、隣のカラムにデータ名＋αを入力するっていう。


・Sample_ID,N,2　（Sample_IDという名前で、数値で、２桁）
・Group,C,2　（Groupという名前で、文字列で、２桁）
　というフィールドを追加してみたところ。

いざデータ入力～

※ GISでは、dbfファイルの行の入れ替えは禁忌
（地物と属性の関連が崩れる）

３）データの編集を終えたら、範囲を指定して、「データベースである」と定義する
・ファイルのデータの範囲を全選択


メニューバーから　挿入 > 名前 > 指定。


「名前」にDatabaseと入力して、
「位置」にデータの範囲が入ってるのを確認して、
「追加」　→　「OK」


４）そしたら保存
ODF形式で保存しますか？と聞かれても、「現在の書式を保持」で。

５）GISで開いてみる
属性テーブルを開くと、、、

ちゃんとSample_ID　と、 Group の列が追加されていた！めでたし

gfortran（覚書）

ちょいとFortranが必要になったので。

Fortran95も使えるフリーのコンパイラ、
gfortran（GNU Fortran）を入手するまで on Snow Leopard。

最初、Finkからインストールすべく探していたけれど、
Snow Leopardだとg77しかないようだったので、メモ。

・gdal（GISツール）を入れると付いてくる
　自分のマシン（gdalインストール済み）は、
　特に何をしたわけでもないのに既にgfortranが入っていて、
　なのにほぼ同じ環境の他のMacには入っていないことが発覚。
　ふと思いついてそっちのMacにgdalを入れてみたら（Fink経由）、
　その途端にgfortranも使えるようになったので。

・ここ（HPC Mac）からバイナリをDLすることもできるらしい
　（gccの最新のも一緒に落とす模様、試してないです）


（基本Fink頼みで、ちゃんとしたコンパイルの作法は明るくないです。以上）

GrADSのインストール on Mac

2011/3/13追記。
以下は、2011/3/11 14:46の地震が来る少し前に
そのときの作業のメモ書きとしてここに控え、
適当な時間を入れて予約投稿にしてあったものです。

---

UNIX系のツールはたいていFinkを使って入れていますが、
GrADSだけは、Finkのだと一部のデータが読めなかったりしたので、
自分で入れてみました。
Finkしか知らないGUIな私にもどうにかなりました。

東北大学のGrADSのページから、
Linux版インストールの項目を読み替えてアレンジ。

１）GrADSのダウンロードサイト
Downloading GrADS Software から、
GrADS本体のMac用のdarwinのもの（現在の最新Verは2.0.a9）と、
同じページのSupplementary Filesのところにある
data.tar.z （フォント＋海岸線のデータ）をダウンロード。

２）ダウンロードしたら、どこでもいいから解凍する。

３）grads本体のフォルダにできるbinの中身を移す
（移動先は任意、後でそこへパスを通すので場所は覚えておく）
　例えば、/usr/local/bin とか。

# /usr/local/bin　に置く場合。

解凍してできたbinフォルダにcd、

sudo mkdir /usr/local # /usr/local を作る（なければ。）
sudo mkdir /usr/local/bin # /usr/local/bin を作る（なければ。）
sudo mv * /usr/local/bin/.

４）dataフォルダの中身を、任意のところに移す

# /usr/local/lib/grads に置く場合。

解凍してできたdataフォルダにcd

sudo mkdir /usr/local/lib # /usr/local/lib を作成。
sudo mkdir /usr/local/lib/grads # libの中にgradsを作成。
sudo mv *.dat /usr/local/lib/grads
sudo mv *es /usr/local/lib/grads

５）パスを通す。
「~/.bash_profile」に以下の３行を追記

~/.bash_profile が無ければ、
mi.app か何かで以下３行を書いたテキストファイルを作り、
「.bash_profile」という名前で保存して、
自分のホームフォルダに置く。（Finderでは見えない）

export PATH="$PATH:/usr/local/bin"
export GASCRP="/usr/local/lib/grads"
export GADDIR="/usr/local/lib/grads"

☆Fink も使う人は、上記に１行足して

test -r /sw/bin/init.sh && . /sw/bin/init.sh
export PATH="$PATH:/usr/local/bin"
export GASCRP="/usr/local/lib/grads"
export GADDIR="/usr/local/lib/grads"

と記載するとよい。
（コマンドを探しにいく順番が、Finkのほうを優先するとかなんとか）

QGIS 1.6のインストール on Mac

GISのフリーソフト「QGIS」の1.6をインストール。
http://www.qgis.org/

昨年11月に1.6が出たものの、
「1.6には、初心者向け（Stand alone版）のインストーラはないよ」
になっていて、しばらく経っても出そうになかったので
仕方なく、入れるのが面倒そうで今までためらっていた
スタンダードver. をインストールすることにした。

QGISからMac版のダウンロードページへ行き、
http://www.kyngchaos.com/software/qgis
・GDAL_Complete-1.7.dmg
・GSL_Framework-1.14-1.dmg
・GRASS-6.4.0-3-Snow.dmg
（各々のバージョンはサイトの指示に従うこと）

をダウンロードして、それぞれインストール。
（GDAL→GRASSの順がいいのかも。プラグインの都合で）

★GDALは、既にFinkから入れてあるのでどうなるのかと思ったけど、
　そのままこっちのGDALを入れても平気らしい
　（とりあえずQGISは使えている）

それが済んだら、
・QGIS-1.6.x-自分のOS
をダウンロードして、解凍して出てきた「QGIS.app」を
アプリケーションフォルダにドロップ。

★既に旧版のQGIS.appがあれば、新しいほうに上書きされる
★心配なら、古い方を名称変更（Finderから）しておくと、両方使える
（古いほうをQGIS 1.5として残してみた）


以上。

というわけで、初のスタンダード版QGISも、
他の３つのオプションを一緒に入れてやればよいだけで、
あっさりと動いたのでした。
なんだーもっと早くやっときゃよかったなー

pdfをテキストに

来るべき英作文の壁に備えて、手持ちの英語論文をテキスト化して
コーパス（文章のデータベース）に使おうと思いまして。

Adobe Readerにも「テキストとして保存」の機能があるのだけど、
改行コードがおかしかったり（\rとか\r\rとか）、
ページが変わるところで空白挟まったりで、うまくいかなかったので。
あと、いちいちファイルを開いて保存し直すのもかなりダルい。

で、手っ取り早く変換できそうな（Mac用の）ツールを求めて、
Automatorを開いたら、それらしい項目があった！

1. Automator.app をひらく


2. 左側のメニューから、以下の２項目を右側のウィンドウに持ってくる

「指定されたFinder項目を取得」
「PDFからテキストを取り出す」

3. テキストにしたいPDFを、
　「指定されたFinder項目を取得」へドラッグして、
　「PDFからテキストを取り出す」で保存先を選んで、
　右上の実行ボタンをクリック

保存しておけば（ワークフローでもアプリでも）、何度でもOK。

変換するファイルの数が多かったりするとエラーになるようですが、
エラーが出ても出力ファイルは無事にできていることが多いようです

BootCampったー

（ビリーさんのほうのブートキャンプじゃないよ）

MacBookにWindows7入れた。

クリックすると拡大
（本体はMacだからPrint Screenキーはない訳なので、
スクリーンキーボード使用…Mac OSならShift＋３とか４なのに～）

今更、初のマイWindows環境。
４月からのしごとばでExcelのマクロの知識が必要になり、
Macの今のOfficeだとそれが無くなってしまったからとか、
Windows版しか出てない便利ツールを使いたいとか、
動機が色々とたまっていたので。

とりあえず、⌘（コマンド）キー＋Ｃ（とかＶとかＳとか）の操作を
Control＋Ｃ（とか略）にしなきゃならず、毎度あーーーとなりますが、
ぼちぼち使っております。

そういえば、バイト先も大学の共有PCなどもXPのままだったから、
とうとうVistaは使わずじまいになりそう。

ああ、ビリーさんのほうのブートキャンプは、とうとう
DVD（親戚のお下がり）１巻めから脱出できないままだったなあ…

以下インストールのメモ。

---

「BootCamp設定アシスタント」を使わず、
１つのHDDを複数パーティションにして、
自力でMacBook (early 2008) にWindows7を入れたときのメモ。
Mac OS 10.6.3（当時）、使ったのはWindows 7 Professional の DSP版。
新しいハードディスクに変えたところで、スノレパも新規インストールでした。

1. パーティションを切る（ディスクユーティリティー）
*Windows は外付けメディアから起動できない、ので、インストールも外付けメディアには不可。
* Windows が認識できるパーティションの数は４つまで、そのうち先頭の１つはシステムが使う（EFI？）なので、実質３つまで。
* かつ、Windowsを入れるパーティションは、最後のパーティションにしなくてはならない
*Mac OS (80GB, HFS+), Mac のデータ置き場、(280GB, HFS+), BootCamp用(140GB, FAT32フォーマットど忘れ)にした。
*Windows7はNTFSフォーマットでないと入らないけれど、MacのディスクユーティリティーからはNTFSにできないので、Windows用のパーティションはFATでフォーマットしておく
32GB以上だとFAT32を選べないはずなんだけど…（どうやったのか失念！！！）

2. Snow Leopardをインストールする（or Snow Leopardを最新にする。）
* すぐさまSnow Leopardを最新の状態にする。OSのアップデート＋セキュリティアップデートだけでなく、ソフトウェアアップデートで全て最新にする
（最初これを端折ってWindows7を入れようとしてたら、インストール時に黒画面＋左上カーソルで進まなかったのが、Snow Leopardのソフトウェアアップデートで解消した）

3. Windows7をインストール。
* Snow Leopardを最新にしたら、Windows7 のインストールDVDを入れて再起動。
* 黒画面の下に文字とバーが出てきたらOK。Windowsのインストーラに従う。
* はじめの方で、インストール先のパーティションを選ぶ。選択肢がやたら多いけど、うっかりMac OSのを選ばないように…
以降、Windows7のインストーラにお任せで。

4. BootCampドライバを入れる。
インストールが終わったら、Snow LeopardのDVDからBootCampドライバをインストールする。

詳しくはコチラ（Apple-サポート-BootCamp)

GMTでDEMのおえかき

地図に段彩（色塗り）をつけるときの標高データ、これまでは
「人からいただく」「Webで拾う」などで凌いできたので、
いい加減、自力で賄わなくては‥と思った次第。
で、標高データによくある「DEM」形式のデータを、
使い慣れた「GMT」で使えるように加工して絵を描くまでのメモ。

全国をカバーできる範囲＆妥当な解像度をめざして、
USGS-Elevation Productsの、GTOPO30（約１kmメッシュ）を使うことに。
（ダウンロードは国土地理院のGTOPO30ミラーサイトから）

日本列島全体を描こうとすると、
e100n40, e100n90, e140nr0, e140n90 の
４領域のデータが必要。それぞれダウンロードして解凍する。
使うのは、それぞれのフォルダにある.DEM ファイル。

この .DEM を、GMTで使える.grdファイルに変換するのに、
gdalのコマンドを使いました。
（gdalは、何も考えずにFinkで落としてきた）

4つの .DEMファイルを、GMT用の .grdファイルに変換！
※DLした４つのフォルダを置いてある階層（＝.demファイルの１つ上）から実行
gdal_translate -of GMT e100n40/E100N40.dem sw.grd
gdal_translate -of GMT e100n90/E100N90.dem nw.grd
gdal_translate -of GMT e140n40/E140N40.dem se.grd
gdal_translate -of GMT e140n90/E140N90.dem ne.grd

４つの.grdファイルをマージする。
ここで使うのは、GMTの中のgrdpasteコマンド。これも初めて使った…

grdpaste nw.grd ne.grd -Gn.grd
grdpaste sw.grd se.grd -Gs.grd
grdpaste n.grd s.grd -Ggtopo30.grd

あとは、色塗り用の陰影ファイルを作ったり、
grdgradient gtopo30.grd -Ggtopo-i.grd -Ne0.5 -A0/270 -M
cptファイルを作ったり、で、
完成！ 　←クリックすると拡大

「関東地方」ぐらいのスケールになると粗く見えてしまうので、
NOAA-SRTM (Version 2)（３秒≒90ｍメッシュ）あたりも使いたいなあ。
あと、pscoastの海岸線も残念なので、せめて日本の分は
国土数値情報でどうにかしたいなあ。
その辺は、追い追いtry（予定）。

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いろいろいじってるうちに無駄に完徹。。。
Ｗ杯の３位決定戦、放送あれば見られたのに…何故スカパー。
でも同点、同点、、の展開を、野口聡一さんが
アメリカからTwitterで実況してくれていた
ドイツとパウル君おめでとう！

PukiWikiでじぶんメモ

「あれどうやるんだっけ，家のノート見れば分かるのに！」
てな場面にしょっちゅう遭遇する．

なので，しごと場でも，UNIXやらExcelやらデータのあれこれやら，
手持ちの知識を参照できるように，メモ帳サイトを作ることにした．
閲覧だけでなくて，覚え書きをその都度かきこめるような．

「外部からも読み書きできて，自分だけが閲覧可能なねた貼サイト」
↓
Wikiにしよう，
で，自分だけしか見られないサーバーに置いとこう

というわけで，

使ったもの
・大学に置いてあるお下がりMac（G4，Tiger）
・APACHE（Webサーバーのソフト，OSに入ってる）
・PukiWiki

お古のMacを24時間営業のサーバーにして，
Apacheで自分だけ閲覧可能な設定にして（ダイジェスト認証），
PukiWiki（UTF-8版の1.4.7）をインストール．

結果（今のところのトッップページ），
こんなー！

家からでもどこでもアクセス可．
編集がらくちんなので，しごと中などにも
ちゃちゃっとExcelなどの手控えを記録するのに具合がよいです．

もちっと早く作っていれば，前の（いやまだ辞めたわけではない）
バイト先でも重宝したはず．ちょっと残念．