「遺伝子ワクチンの問題点」で述べたように、ウリジンをシュードウリジンに変更すればタンパク質を多く産生することができ、更に、1メチルシュードウリジンに変更すれば、元のRNAの数十倍ものタンパク質を作り出すことができるようになります。
このことは、少量のRNAでもタンパク質を効率よく細胞に作らせることが可能になったことを意味しています。
免疫反応を回避するためにシュードウリジンをウリジンに置換することが非常にうまくいっていて、mRNAが通常のクリアランス/分解経路を完全に回避しているというものです。
したがって、注射部位で細胞に取り込まれなかったmRNAは、リンパ節（ファイザー社の非臨床データが示唆するように、全身）に移動し、そこでタンパク質を発現し続けているのです。
新型コロナウイルス用のmRNA型ワクチンではウリジンをシュードウリジン化することに加えて遺伝暗号に工夫をしており、変更できる遺伝暗号は極力CまたはGに変更されています。
mRNAワクチンでウリジンをシュードウリジン化しておくことにより、ｍRNA導入細胞が免疫システムで殺傷されないようにしているわけです。mRNAワクチンで使用しているのは下左側の1－メチルシュードウリジンです。
ｍRNAワクチンではなぜｍRNAをシュードウリジン化しなければならいのでしょうか。
それは細胞が備えている外来のDNAやRNAを検出するセンサーに関連しています。細胞にとっては細胞の機能を乗っ取られてしまうウイルスの進入は一大事です。ウイルスは細胞の機能を利用して勝手に増殖して細胞を破壊してしまうからです。
ファイザーとモデルナのｍRNA型ワクチンではウリジン全てシュードウリジンに置換されています。シュードウリジン化することの目的は細胞内の外来の核酸が侵入してきたときに感知して反応するセンサーが反応しなくなるようにすることでした。
Toll様受容体が細胞膜とか、あるいは細胞内小胞（エンドソーム）の膜に存在しています。このうち、TLR3,TLR7.TLR9は細胞内のエンドソームの膜に配置されており、TLR3は細胞内の二本鎖RNAに対して反応し、TLR7は一本鎖RNAに、TLR9はDNAに反応します。
これらの受容体は細胞内にウイルスが侵入したことを察知し、一連のサイトカインの分泌を促し感染細胞を殺す反応を誘導します。このような現象を招かないようにすることを目的としてmRNA型ワクチンではウリジンをシュードウリジン化しています。細胞内で翻訳反応において重要な機能を担っているｔRNA（トランスファーRNA）の」ウリジンはシュードウリジン化されており、TLRが反応しないようになっています。
さらに、新型コロナウイルス用のmRNA型ワクチンでは変更できる遺伝暗号は極力CまたはGに変更されています。
GとCの結合、およびAとT（RNAではUになります）の結合が示されています。点線で示されているのが水素結合で、GとCでは三本の水素結合があり、AとTでは二本の水素結合があることがわかります。この塩基対を作るための水素結合は比較的弱い結合であるためDNAを水に溶かしておいて水の温度を上げていくと、この結合は破壊されます。DNAの二重鎖構造が乖離して二つの一重鎖DNAに変わることになります。
このときに二重鎖のDNAの半分の分子を一重鎖に変換する時の温度のことを融解温度（Tm）と言います。水素結合が二本よりも三本ある方がDNAの結合は強くなるため、4種類の塩基のうちGとCの割合を高めると二重鎖DNAを一重鎖に変換するためにはより高い温度にしなければならなくなります。
