5月17日に書いた★コロナのコトバ学★で創薬にコンピュータシミュレーションを取り入れた手法、インシリコスクリーニングについて触れたとき、ふと10年前読んだ新聞記事のことを思い出した。
で、探したらあった。(ノートの神、幸坂理加ちゃんには負けてられない(笑))
で、探したらあった。(ノートの神、幸坂理加ちゃんには負けてられない(笑))
朝日新聞2010年8月6日科学欄より
たんぱく質解析パズル
直感で構造を予測
コンピューターしのぐ
たんぱく質解析パズル
直感で構造を予測
コンピューターしのぐ
人間の直感は時としてコンピューターをしのぐ。米ワシントン大などの研究チームがそんな論文をまとめた。たんぱく質の複雑な形状を予測する問題をパズルゲームに仕立ててネットで公開したところ、専門知識を持だない参加者たちが、コンピューターの自動プログラムより高い得点をたたき出した。英科学誌ネイチャーで発表された。
たんぱく質は、アミノ酸がつながってできたひも状の分子が、複雑に折りだたまれた形をしている。同じたんぱく質でも、可能な折りたたみ方は無数にある。研究者はコンピューターで実際の形をより正確に予測し、新薬開発などに役立てている。
研究チームは、画面に立体表示されたたんぱく質をマウスの操作で勤かし、正しい形を目指して折りたたむパズルゲームをつくった。化学的に安定した形状ほど得点が高くなる。ネットで08年に公開し、5万人以上が参加。多くは生化学の専門知識がなかったが、時には互いに連絡を取り合い、協力しながら、用意されたたんぱく質10個の形状を解き進んだ。
結果は、参加者の得点が上回ったのが5個、コンピューターが上回ったのが2個。3個は同程度だった。
人間だと、得点が稼げるとわかれば、現在の安定した構造を崩して一時的に点を失うこともためらわない。だがコ
ンピューターにはこうした大胆な組み替えができなかった。研究チームは、科学の他の分野にも、同様のゲームを使った研究法が応用できる可能性があるとしている。
東京工業大の田口英樹教授 (たんぱく質科学)は「非常にユニークな研究。たんぱく質の構造予測がいかに複雑かを一般人に実感してもらう一種の遊びと思っていた。科学的にも実を結ぶとは驚きだ」と話している。(小宮山亮磨)
たんぱく質は、アミノ酸がつながってできたひも状の分子が、複雑に折りだたまれた形をしている。同じたんぱく質でも、可能な折りたたみ方は無数にある。研究者はコンピューターで実際の形をより正確に予測し、新薬開発などに役立てている。
研究チームは、画面に立体表示されたたんぱく質をマウスの操作で勤かし、正しい形を目指して折りたたむパズルゲームをつくった。化学的に安定した形状ほど得点が高くなる。ネットで08年に公開し、5万人以上が参加。多くは生化学の専門知識がなかったが、時には互いに連絡を取り合い、協力しながら、用意されたたんぱく質10個の形状を解き進んだ。
結果は、参加者の得点が上回ったのが5個、コンピューターが上回ったのが2個。3個は同程度だった。
人間だと、得点が稼げるとわかれば、現在の安定した構造を崩して一時的に点を失うこともためらわない。だがコ
ンピューターにはこうした大胆な組み替えができなかった。研究チームは、科学の他の分野にも、同様のゲームを使った研究法が応用できる可能性があるとしている。
東京工業大の田口英樹教授 (たんぱく質科学)は「非常にユニークな研究。たんぱく質の構造予測がいかに複雑かを一般人に実感してもらう一種の遊びと思っていた。科学的にも実を結ぶとは驚きだ」と話している。(小宮山亮磨)
これは、コロナには生かせないんだろうか?と思ってググったらプロジェクトはちゃんと渦動してるらしい。↓
が、
地味で目立たなすぎる。Twitterでは常温以下の様相。
こういうのこそテレビでやれよ。
こういうのこそテレビでやれよ。
こないだのミスターサンデーで
「国際協力もいいが、ここは競争に期待したい」というようなことを専門家が言っていたけど、インシリコスクリーニングみたいな「総当たり案件」は2度手間を避けるために手分けしたほうがいいんぢゃないかと思う。
感染の専門家といえども段取りや効率の専門家ではない。
感染の専門家といえども段取りや効率の専門家ではない。
ところでコンピュータで手分けというと、一時期はげしく話題にもなった仮想通貨、基盤となるブロックチェーンを維持するためにはマイニングという計算作業が必要になるんだけど、これがある意味「公募」になっていて、計算したものには報酬が得られるしくみになっている。
実際には規模が大きければ大きいほど有利なので、事業化され何万台ものコンピュータでシステムを構築してしかも拠点を電気代や冷却の面で有利な北欧などに置いているのが実情。
村上ファンドの村上世彰氏が「電脳は全然エコぢゃねー」と批判したのは決してアナログ人間のひがみぢゃないのだ。
実際には規模が大きければ大きいほど有利なので、事業化され何万台ものコンピュータでシステムを構築してしかも拠点を電気代や冷却の面で有利な北欧などに置いているのが実情。
村上ファンドの村上世彰氏が「電脳は全然エコぢゃねー」と批判したのは決してアナログ人間のひがみぢゃないのだ。
で、今、仮想通貨市場がどうなっているか知らんだけど、コロナって経済の問題でもあるわけだからその計算能力の幾ばくかをコロナのために提供するなんてことがあってもいいんぢゃない?
そのむかし、SETI@homeという個人のコンピュータの余力をかき集めて宇宙人を探すための計算に役立てるというバカげたプロジェクトがあったけど、宇宙人はともかくボランティアコンピュータという考え方は今後も生かせるコンセプトぢゃねーかと思う。
スパコンレベルのシステムが協同作業したらすげーことになるんぢゃないかと。回線はどんどん早くなっていくわけだし。それを統合するソフトのことはしらんけど、実は技術面より政治的なことがカベだったりして。
スパコンレベルのシステムが協同作業したらすげーことになるんぢゃないかと。回線はどんどん早くなっていくわけだし。それを統合するソフトのことはしらんけど、実は技術面より政治的なことがカベだったりして。
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