- 『宇宙作戦第一号』
 | 宇宙作戦第一号 (松本あきらシリーズ) 松本 零士 小学館クリエイティブ |
- 『青い花びら』
 | 完全復刻版 青い花びら (松本あきらシリ-ズ) 松本 零士 小学館クリエイティブ |
- 『緑の天使』
 | 緑の天使 松本 零士 小学館クリエイティブ |
- 『星よきえないで』
 | 完全復刻版 星よきえないで (前編) 松本 零士 小学館クリエイティブ |
- 『忍法十番勝負』
- 『セクサロイド』
 | セクサロイド 完全版 (上巻) 松本 零士 小学館 |
- 『銀の谷のマリア』
 | 銀の谷のマリア 松本 零士 ユミコミックス |
- 『潜水艦スーパー99』
 | 潜水艦スーパー99 （1） 松本零士 eBookJapan Plus |
- 『電光オズマ』
 | 電光オズマ [マーケットプレイス コミックセット] 松本 零士 若木書房 |
- 『男おいどん』
 | 男おいどん（１） (週刊少年マガジンコミックス) 松本零士 講談社 |
- 『聖凡人伝』
 | 聖凡人伝 （1） 松本零士 eBookJapan Plus |
- 『元祖大四畳半大物語』
 | 元祖大四畳半大物語 1 (サンコミックス) 松本 零士 朝日ソノラマ |
- 『スタンレーの魔女』
- 『鉄の墓標』
 | 戦場まんがシリーズ 鉄の墓標 (少年サンデーコミックス) 松本零士 小学館 |
- 『ガンフロンティア』
 | ガンフロンティア 2 (秋田文庫 3-8) 松本 零士 秋田書店 |
- 『宇宙戦艦ヤマト』
宇宙戦艦ヤマト （3） 松本零士eBookJapan Plus- 『新宇宙戦艦ヤマト』
- 『ワダチ』雑誌連載時のタイトルは『スペース開拓者 ワダチ』。
 | ワダチ （1） 松本零士 eBookJapan Plus |
- 『パニックワールド』表題作ほか3作を収めた短編集。
 | パニックワールド 松本零士 eBookJapan Plus |
- 『オーロラの牙』
- 『機械化人都市』
 | 機械化人都市 マシンナーズ・シティ (パワァコミックス) 松本零士 双葉社 |
- 『わが青春のアルカディア』
 | わが青春のアルカディア 石原裕次郎 |
- 『インセクト』昆虫を題材にした11作品が収められた短編集。
 | インセクト 松本零士 eBookJapan Plus |
- 『大不倫伝』
 | 大不倫伝 (奇想天外文庫) 松本零士 奇想天外社 |
- 『衝撃降下90度』
- 『四次元世界』様々な雑誌に掲載された『四次元世界シリーズ』、『無限世界シリーズ』、『幻想世界シリーズ』、『未完成世界シリーズ』を中心に25作品を収めた短篇集。内容は昆虫もの、SFもの、戦場ものとバラエティに富む。小学館文庫版（1977年初版）、全2巻のものと、合本され1冊になった小学館叢書版（1992年初版）と小学館文庫版（1995年初版）がある。
- 『恐竜荘物語』
 | 恐竜荘物語 松本零士 eBookJapan Plus |
- 『銀河鉄道999』
銀河鉄道999（１） (ビッグコミックス) 松本零士小学館- 『漂流幹線000』
- 『新銀河鉄道999』
- 『螢の泣く島』SFのみではないバラエティ豊かな表題作を含んだ9作品を収録した短編集。
 | 螢の泣く島 松本零士 eBookJapan Plus |
- 『時間旅行少年ミライザーバン』
- 『惑星ロボ ダンガードA』
- 『宇宙海賊キャプテンハーロック』
 | 宇宙海賊キャプテンハーロック -電子版- １ 松本零士 秋田書店 |
- 『帰らざる時の物語』短編集。秋田書店文庫全2巻。
- 『3000年の春』
- 『ひるあんどん』奇想天外文庫。
 | ひるあんどん （1） 松本零士 eBookJapan Plus |
- 『螢の宿』
- 『親不知讃歌』単行本は通常版（朝日ソノラマ、サンコミックス）と限定500部発行の青林堂版がある。
- 『出戻社員伝』
- 『トラジマのミーめ』
- 『大純情くん』
- 『大草原の小さな四畳半』
- 『ミステリー・イヴ』
- 『悪魔伝の七騎士』
- 『エスの太陽 - ロマンコミック自選全集 松本零士1』
- 『空間機甲団』
- 『ダイナソア・ゾーン 恐龍帯』
- 『Queen エメラルダス』
- 『ヤマビコ13号』
- 『その名はテス - ロマンコミック自選全集 松本零士2』
- 『復讐を埋めた山』
- 『妄想鬼』
- 『魔女天使』
- 『不滅のアレグレット』
- 『昆虫皇帝』
- 『勇者の雷鳴』
- 『曳光弾回廊』
- 『新竹取物語1000年女王』
- 『松本零士初期作品集』
- 『ナスカ』
- 『蜜蜂の冒険』
- 『松本零士自選傑作集』
- 『闇夜の鴉の物語』
- 『ザ・ステテコンドル』
- 『思春期100万年』
- 『魔境惑星の恋人』
- 『ダイバー0』
- 『近眼人類詩集』
- 『高速エスパー』
- 『ザ・コクピット』
- 『火星令嬢』
- 『蜃気楼フェリー アイランダー0』
- 『漂流3000万光年』
- 『怪盗M』
- 『HARD METAL』小学館ビッグコミックス、全3巻。
- 『V2パンツァー』
- 『無の黒船クライシスⅢ』
- 『明日から来た影 GENNAI』
- 『妖星伝』
- 『蜃気楼綺譚』
- 『ニーベルングの指環』
- 『夢奥（王）の細道』
- 『ケースハード』
- 『陽炎の紋章』
- 『天使の時空船』
- 『漫画絵巻 富岡の歴史』
- 『無限海漂流記』
- 『火聖旅団ダナサイト999.9』
- 『松本零士の飛び出せ宇宙へ！』
- 『松本零士セレクション』
- 『超時空戦艦まほろば』
- 『復刻版 冒険記』
- 『復刻版 火星令嬢』
- 『コクピット・レジェンド』
- 『児女英雄伝』
- 『ちいさなマキ』
- 『宇宙博物誌 火星ホテル』
- 『コスモロードα 眠れる宇宙の王女』
- 『どんトラ』
- 『ペットファーザー』
