日常生活のためには生活用水が必要であるが、南大東島は亜熱帯海洋性気候で温暖なのだが降水量が少ない。年間降水量は、沖縄本島の２０００ミリに対して南大東島は１６００ミリである。また、島での降水は梅雨シーズンと台風シーズンに集中しており、台風の来島回数が少ないとたちまち干ばつになる。このため、島では開拓時代から飲料水や生活用水に悩まされていた。
戦前は、飲料水の確保に苦労していたようで、屋根に降る雨水を集めた天水や掘った井戸から汲み上げた地下水を利用していた。トタン葺きの屋根で回収した天水は問題が無かったが、ビロウの葉（シロッパ）で葺いた屋根で回収した天水は色が付いて臭気があったという。島にはあちこちに池があり、湖水が溜まっているので、この湖水を飲料水にできるのではないかと考え易い。しかし、島の土壌は石灰岩で空洞が多く、池の底は太平洋の海水とつながっていて、湖水の底部は海水なのである。湖水の表面にだけ比重の関係で雨水が浮かんでいるのである。そして、各池の水面は海の満潮干潮により上下している。このことから、井戸水については島独特の問題があった。井戸を掘って真水を汲み上げようすると海水が混じるのである。
天水を貯留した水は長期に保存すると衛生上の問題があり、井戸水は塩分が含まれていて健康上の問題がある。この問題は開拓時代から戦後まで長い間続いていた。
このため、村では、阿弥陀池から取水し、濾過して各戸に給水する簡易水道を１９７６年に完成した。しかし、給水できたのは在所集落周辺までで、１９８６年の普及率は５６％であった。他の集落は相変わらず天水と井戸水に生活用水を頼らざるを得なかった。
１９９０年になって逆浸透膜を利用して海水を淡水化して飲料水として供給する海水淡水化施設が完成し、島内全戸に給水できる簡易水道が敷設された。その後、２０２３年に施設は沖縄県企業局に委譲され、本水道に昇格した。企業局による管理は、水道用水供給事業の拡大によるもので、本島と離島における水供給サービスの格差を解消するの目的であった。これにより、村が水道施設を管理していた時期に比べ水道使用料が大幅に減額されることになった。
村が管理していた時期の水道料金は、基本の最初の６立方メートルまでは１８１２円で、追加使用の１立方メートル毎に４２５円であった。企業局の管理に変わって、水道料金は基本の最初の６立方メートルまでは１６２８円で、追加使用の１立方メートル毎に３７４円が加算されることになった（２０２３年現在）。
しかし、これでも未だ本州の市町村に比べて高いものである。東京都２３区の使用料金と比べてみよう。東京都での標準的な利用契約は呼び径２０ミリで、基本の最初の５立方メートルまでは１１７０円で、それ以降の追加料金は使用量により段階的に上昇して加算されている（２０２３年現在、なお、この料金は２００５年以降変更されていない）。
東京都での４人家族の平均的な毎月の水道使用量は２３．１立方メートルである。この使用量で東京での毎月の水道料金を計算すると３３２２円となる。同一の条件で南大東島での水道料金は８３５７円となり、２倍以上となる。離島での水道水がいかに高いかが理解される。
一段目、二段目の写真は淡水化施設の外観である。三段目の写真は給水塔を撮影したもので、手前にあるのは簡易水道を設置した時に建てられたもので、１９８４年に竣工している。奥の給水塔は現在使用している新設されたものである。