元々は1926年に明治神宮相撲場として開設され、1947～1948年にかけて大相撲の本場所興行が行われた場所です。その後、野球場に改築されることになり、1961年に竣工し、東映フライヤーズ(現; 北海道日本ハムファイターズ)の移転話と国鉄スワローズ(現; 東京ヤクルトスワローズ)の移転見込みに伴い増改築が行われました。ただ、結果的にどちらも、明治神宮球場への移転になり、大規模な増改築もされずに終わっています。
最初の計画では明治神宮球場のレフトスタンドと第二球場のセンターが接する形となっていましたが、第二球場の一塁側スタンド(現在のゴルフ練習場)が接する向きに変更されました。
一・三塁側ベンチの上以外に座席が設けられておらず、メインスタンドとなるバックネット裏は二層式になっており、通常は1階席の部分のみが開放されます。観客が多い場合には2階も開放されます。なお、この2階席の一部は明治神宮球場のグラウンドを見下ろすことができるエリアがあり、明治神宮球場で試合が行われている場合は基本的立ち入り禁止となっています。また、球場自体の用地が狭く、外野後方がすぐに道路となっているため、外野スタンドがありません。
先日、春季高校野球東京都大会で早稲田実業高の清宮幸太郎選手外野手が神宮第二球場から、隣接する明治神宮球場のレフトスタンドまで特大ファールを飛ばしたそうです。これに対して、東京都高野連が安全面への対応を検討しているそうですが、防球ネットを高くするのは球場の構造上困難でだそうです。よって、警戒アナウンスなどで対応するらしいです。
通常は東京新大学野球連盟や東都大学野球連盟の2部以下のリーグ、東京都高等学校野球連盟主管大会(夏の甲子園・東ブロック・同・西ブロックや春季・秋季大会など)で使用されています。
なお、一塁側ダッグアウト付近から右翼ポール際にかけて明治神宮外苑ゴルフ練習場(外苑ゴルフクラブ)の西練習場として、ゴルフ練習用の打席が121打席設置されている面白い作りになっています。
1961年4月19日竣工
両翼:91 m、中堅:116 m
内外野:全面透水性人工芝
スコアボード:パネル式
収容人数:5,600人
2015年4月に2020年東京オリンピック・パラリンピックの開催後に、明治神宮外苑をスポーツの聖地とするための再開発を進める一環として、第二球場についても解体する予定です。ただし、明治神宮第二球場は代替球場の計画が今のところ無いため、新第二球場が出来るかどうかは未定だそうです。
今の明治神宮野球場、明治神宮第二球場でプレーする機会があれば、それは歴史の証人になれることでしょう。
