福岡大学のピンチ

というほどでもないのかも知れませんが、大学で用意した回線(20Mbps)のうち 2Mbps が ntp によって消費されているそうです。そして、ntp サーバ(或いはルータなど)のメンテナンスを行おうとマシンを止めると、リトライのためこの3倍のトラフィックが流れるそうです。

とりあえず、書きなぐり。
福岡大のNTPサーバがアクセス集中で悲鳴(ITmedhia)
時刻合わせ総合スレッド (2ch) 福岡大学のNTP屋の発言
900パケット/秒 = 7000～8000万パケット/日 ですか。
ntp1.jst.mfeed.ad.jpのアクセス数はというと、
　ntp1:2300万回/日
　ntp2: 710万回/日
　ntp3: 940万回/日
マシンの構成は Celelon500MHz/Mem128M このマシンで load は 1以下。とのこと。ntp server にパフォーマンスは必要とされないと言うことでしょうね。
この中で一つしか ntp server を選択できないなら、ntp2.jst.mfeed.ad.jp が良いようですね。パケットが飛んでくると OS に割り込みがかかります(その間 OS の時計は止まる)ので、アクセスの少ないマシンの方が精度の高い時刻を提供してくれるでしょう。もちろん時刻源(GPS)に時刻を貰っているので、そんなに大きくずれるわけではありませんが。

それ以前に、基本的には自分のプロバイダーの ntp サーバーを使いましょう。ということで。あと、ntpd を上げるなら、server は 1台だけじゃなく、それぞれネットワーク的に別のサーバーを3台程度指定しておきましょう。
プロバイダー + mfeed + 東大 + 国立天文台でしょうか。(ネットワークが切れることは勿論、メンテナンスも同時期に行われる可能性が高い)
stratum1 と、stratum2 の比較はどうかと思いますが...
被測定 st2(ntp1.mfeed)は、基準 st1 へ直接時間を合わせにいっていて、被測定 st1(福岡大) は、別の GPS に時刻合わせに行っているわけで、絶対的な時間差があるかも知れない。jitter もありますが、これまた 基準 st1 が jitter を持っている可能性も。そうは言っても、st1 は原子時計から取ってきているらしいのでこんなに jitter があるわけは無いですね。GPS も元々原子時計ですから同様に可能性は少ないでしょう。因って、jitter の原因はネットワークしか考えられず、この offset/jitter は Network に起因すると。はい。
NTP設定の心得 といったところか。

福岡大よりももっとひどかったウィスコンシン大学-ネットギアNTP事件というのを知った。
http://www.cs.wisc.edu/~plonka/netgear-sntp/
これは70万台以上製造されたネットギアのホームルータにウィスコンシン大のNTPサーバーがハードコードされており、しかも応答を受け取るまで1秒に1回のポーリングをするという実装をされていたというもの。
トラフィックは1秒間に25万パケット、150メガバイト以上に達した。

ちなみに、NPT: 核不拡散条約 だそうで。

http://www.soundcraft.co.jp/imports/ese/ntp.htm
秋月電子旧製品がなくなっていると思ったら、新製品がでていたんですね。

ニッカドバッテリーバックアップ機能(ニッカド・バッテリはオプション)、バッテリーは単4か単3を10本直列にしたもの使用します。常時フローティングで充電しており...(後略)

オプションと言うことは、バッテリーボックスもオプションなんですね？フローティングなのは、バッテリーの容量を考えなくて良いからなんでしょうね。だったら、単1を10本でも良いじゃん。NI-MH なら、8本でもかまわないんでしょうね。でも、バッテリーが早く傷むかな？