構造材

土台は、無垢檜。
耐久性を求めるなら、①栗材・②青森ひば・③檜。耐シロアリは、①青森ひば・②米ヒバ・③檜あたりか。
檜は国産の土台としては、無難なところ
でも本当に耐久性があるのは赤身の部分（心材）で、白太の部分（辺材）は決して強くないみたい（実はこの事は檜材だけではなく他の樹種にも共通して言える事らしい）
我が家は？？

柱は、無垢杉。
檜だと少し高くなる。杉で十分だろう
大引、米松。梁・桁材、米松。間柱、ホワイトウッド。
床下地、構造用合板２８ｍｍ（１・２階　共）

全体的には無難なところだと思います

「集成材とムク材のどちらが良いか」
価値基準をコストと含水率におく場合は、集成材の方が良いといえるでしょう。（含水量が少ないと狂いが少なく、強い）しかし、木造軸組工法に木本来の特性を生かしたいと考える場合は、やはりムク材でしょう

「防腐・防蟻薬剤処理」
いろんなハウスメーカーがあり、土台木材を防腐・防蟻薬剤処理しているメーカー。木材表面に塗布する方法、吹き付ける方法、薬液中にひたす方法、そして圧力を加え強制的に薬液をしみ込ませる方法があります。

確かに、木材表面に塗布、また吹き付けた場合や薬液中にひたした場合に比べ、加圧することによって薬液を木材内部にしみ込ませる加圧注入土台の方が耐朽性が高いという結果は出ていますが、組み立ての際、木材と木材を接合するために凹凸加工された接合部からシロアリに入られ被害を受けていたり、十分に薬液がしみ込んでいない部分が腐ってしまっているケースがあるみたいです。

それに何年後かには、薬液が抜けて新たに薬液を注入しなければいけません
床下どうやって

公庫の仕様書では、
土台については、ひのき、ヒバ、ベイヒ、くり、ケヤキ、ベイスギ、台湾檜、こうやまき、さわら、ねずこ、いちい、かや、ウエスタンレッド−シ−ダ−の材は、防腐・防蟻処理が不要です。
杉の場合には防腐・防蟻処理が必要となっています。

その他の根太・筋交いなど地面から１ｍ以内の高さに使用する材については、上記の樹種に加えて、すぎ、からまつ、ベイスギ、ダフリカ、カラマツ、クヌギ、ミズナラ、ベイマツ（ダグラスファ−）などの材は防腐・防蟻処理が不要です