高校入学初日の朝、理人はアーンヴァルMk.2型神姫・アンに起される。マスターと呼ぶアン。まるで、アンは彼女のようである。大量の引っ越し荷物のダンボール箱からアルトアイネス型神姫・アイネスとアルトレーネ型神姫・レーネが出て来た。アイネスはツンデレな女の子。レーネは裁縫が得意な女の子。
「大切」と書かれているダンボール箱。その箱にはベーゴマ等の懐かしいおもちゃと月刊「機構」と手紙が入っていた。手紙の中身が気になるアンたち。その手紙が風に飛ばされて外へ。そこでエウクランテ型神姫・クララに出会う。手紙がぶつかったのを不意打ちと勘違いしアンと戦う事になる。その中で手紙を焦がされて怒り、クララを圧倒するアンだった。
手紙の中には超小型のCD-ROM。その中身はアンとの思い出が入っていた。部屋の立体映像に住む事ができるようだ。そして、荷物に混じっていた謎の箱からストラーフMk.2型神姫・ヒナが現れた。全高15cmの彼女達たちの新しい生活が始まる。