とねスパコン： 計算ホストを４台にしてみたのだが。。。

計算ホストをさらに１台増やしてパフォーマンステストをしてみた。テスト内容は計算ホスト３台のときと同じだ。(２次元のラプラス方程式)


MPI環境で実行：

長所：計算ホスト台数に比例した計算速度向上が得られる。
短所：並列計算を意識した難しいプログラミングが必要なので開発工数がかかる。

計算ホスト４台
[root@server mpi]# scrun -group=pcc,nodes=4x1 ./mpi-laplace
SCOUT: Spawning done.
SCore-D 6.0.2 connected.
<0:0> SCORE: 4 nodes (4x1) ready.
time = 58.746565 seconds, iteration = 401, performance = 514.669737 MFLOPS

期待どおり台数に比例する速度向上が得られた。グラフにするとこのようになる。



１台８千円の中古デスクトップPCなので、３万２千円で実現した「スパコン」というわけだ。(OSや並列処理のためのソフトは無料だ。）クワッドコアの格安パソコンは１０万円くらいなので、コストパフォーマンスだけを見れば市販のパソコンの計算速度は上回っていると思う。

しかし４台も走らせているのに１ギガフロップスに達していないのは大いに疑問が残るが、これは使ったプログラムのせいかもしれない。要調査項目だ。


Omni OpenMP (SCASH)環境で実行：

長所：既存のプログラムに並列実行のための指示行(#pragmaではじまる行)を加えるだけなので開発工数が短くてすむ。
短所：ホスト間で共有メモリーがあるか、またはホスト間の通信速度が10Gbps以上ないと台数を増やしても計算速度向上の効果が得られにくい。

計算ホスト４台
[root@server laplace]# scrun -group=pcc,nodes=4x1 ./omp-laplace
SCOUT: Spawning done.
SCore-D 6.0.2 connected.
<0:0> SCORE: 4 nodes (4x1) ready.
<2> SCORE: Program signaled (Segmentation fault).

計算ホスト３台のときにはちゃんと動いていたOmni OpenMP(SCASH)環境だが、増設したばかりの計算ホストで異常終了が起きてしまった。１台でもエラーが出ると全体の計算はもちろん終了しない。原因調査が必要だ。

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関連リンク：

PCクラスタコンソーシアム
http://www.pccluster.org/ja/

スーパーコンピュータを作っちゃおう！！
http://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/a459cbb7134ac8e60712c34cd4aa6ec1

「とねスパコン計画」始動！
http://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/6c3ba74a3e5857a2b3175ada040c1fc3

とねスパコン： CentOS 4.4のインストール
http://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/7deee95a5d0091e0498b5799253754a9

とねスパコン： 動作確認
http://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/30cce68087191b8064af21b8cbf80645

とねスパコン：動いたのだが。。。
http://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/99cb2bb87a6cc06d63628a29cc18811a

とねスパコン：計算ホストを３台に増やしてみた
http://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/e57737c0953770b8ef449d009c83a2fa

計算物理学のリンク集
http://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/1ccf9ab03075931b1a923e4a01271df4

究極の物理シミュレーション
http://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/12cede0cb34c3b0cff05a6df66d61227