グリーンラインの日吉は東急線と十字交差している。そのため、コンコースは東急と共有しており、地下鉄改札口の10メートル先に東急の改札口がある。あざみ野以上の利便性で、港北NTからの通勤客が日吉始発の目黒線に流れると思われる。東出口は慶応大学の構内に隣接、洗練された大きい出口だが、周辺は工事中で仮囲いに囲まれたところもあった。この出口は東急駅から道路を横断するところにあったが、道路の手前側にも駐輪場入口を兼ねた出口がある。西出口は日吉駅に隣接するビルの１階、商店街側からも入れるが、東急の橋上コンコースからも狭い通路経由で入れる。
日吉本町の駅舎は地上、地域交流施設｢いきいき会館｣と共有している。駅前に車道は整備されているものの、停めれるスペースはなし、駅舎に隣接して駐輪場が整備されていた。周辺は一戸建てが並ぶ住宅街である。
高田は日吉方面が上の２層式構造、日吉方面はこの中間駅だけ左側のドアが開く。コンコースと２層式のホームを結ぶエスカレーターは開放的なデザイン、その中をエレベーターが突き刺している。北側出口付近にはグリーンライン唯一のバス・タクシーロータリーが整備、南武線の武蔵新城駅へ向かうバスが乗り入れる。県道の南側にも１ヶ所出口があり、マンション１階でコンビニに隣接している。
東山田は、ガラス張りの大きい地上駅舎をもつ。駅舎北側は県道、高田付近に比べると交通量が少し激しい、西側には第三京浜の高架が見える。駅舎に隣接して広い駐輪場が整備、駅舎周辺は他の駅に比べるとがらんとしており、工事中の部分もあった。
北山田のコンコースは地下３階にある。出口は南北ともに南欧をイメージした赤茶の屋根をもち、北側は駐輪場と共有した大きいもの、南側もマンションの横にある単独出口となっている。ここ、北山田から都築ふれあいの丘まで港北ニュータウンの中なので、駅周辺は様々な種類のマンションが並ぶようになる。マンションの谷間の広い歩行者道路からは、横浜国際プールの屋根が見えた。
