駅降り：丸ノ内線（西新宿－新宿御苑前）、方南町支線

中野新橋はカーブ上にある相対式、駅舎は中野坂上寄りの地平にあり、ホームからの階段は途中で合流している。駅舎は平屋建て、周辺は３階以上の建物が多いので、低い分目立つ。
中野富士見町も中野坂上寄りの地平に駅舎があり、両ホームの階段は駅舎の中で合流している。駅前の通りは中野新橋のものより広く、歩道も整備されている。駅の近くには神田川が流れており、川沿いの道を歩くと丸の内線の車庫にたどり着く。
方南町は島式、ホームは狭い割りには天井は高い。改札は東西２ヶ所。西改札はホームの先にあり、出口は環七に面している。東改札はホームの上のコンコースにある。出口はアーケードの商店街の奥まったところにあり、少しわかりにくい。


西新宿は幅広のホームをもつ相対式、コンコースも広くショップがいくつか入居している。コンコースは都庁やアイランドタワーへ向かう地下道に直結、出口は２ヶ所ある。南側出口は洗練されたデザインの単独出口だが、北側出口はビルの１階と共有している。

新宿は島式、改札は東西２ヶ所ある。コンコースは、ＪＲ新宿駅と青梅街道沿いの商業ビルを結ぶ地下通路を兼ねており、人通りは激しい。出口は30ヶ所近く、基本的に出口は商業ビルの地下に直結しビルの階段で地上に出ることが多いが、ＪＲ高架の西側やMYCITY前広場には単独出口がある。西側改札近くのエスカレーターを降りると、都営大江戸線の新宿西口駅コンコースに抜ける。
新宿を出ると50秒もしないうちに島式の新宿三丁目に到着する。コンコースは新宿から続く地下通路、改札は東西２ヶ所ある。コンコースは伊勢丹や三越に直結、東の方には都営新宿線コンコースへの連絡通路がある。現在、副都心線の工事中で、ホームの新宿御苑前寄り、及びコンコースの東側は仮囲いで囲まれている。また閉鎖されている入り口も何ヶ所かある。

新宿御苑前は相対式、荻窪方面ホームは新宿三丁目寄り、池袋方面ホームは四谷三丁目寄り、つまり両方向とも進行方向の前側に改札コンコースがある。両ホームは改札内通路で結ばれている。ホームは互いにすれており、改札付近の逆方向にはホームがない。出口は１ヶ所ずつで池袋方面ホームから接続する東側はビルと共用、荻窪ホームから接続する西側は単独出口になっている。