副都心線の渋谷は１面２線の島式、１面といっても２面ホームを３ヶ所の通路でつなげている１面で、その間の２線の線路はすでに敷設されている。ホームは地下５階、地下４階の改札内コンコースは半蔵門線・田園都市線ホームに直結している。北側コンコースは地下２階で半蔵門線と共有、単独出口が宮益坂下交差点の四方や東急東横店の前にある。また数百メートル離れた宮下公園近くの地下鉄ビルにも出口が１ヶ所ある。南側コンコースは地下３階、北側コンコースとは改札外スロープで結ばれている。安藤忠雄デザインの宇宙船の内部にあり、改札周辺はその北端に位置する。１階への出口は東急文化会館跡の再開発地域に出る１ヶ所、エスカレーターは整備されておらず、エレベーターと階段しかない。
明治神宮前は地下５階の島式。副都心線の駅ホームは東新宿を除いて、島式構造になっている。コンコースは地下４階にあり、地下３階の千代田線ホームへは100メートルほどの改札内通路経由で行くことができる。地下４階コンコースから直接出れる出口は、山手通り沿いの単独出口１ヶ所、それ以外は既存の千代田線コンコースからの出口で、地下２階のコンコースへ出ることになる。
北参道は地下２階、改札は地下１階にある１ヶ所のみで、出口は南北２ヶ所ある。北側出口は単独出口、首都高４号が100メートルぐらい北を走り、代々木駅とは500メートルぐらいしか離れてない。南側出口はスタバなどが入居しているビルと共有している。
新宿三丁目は地下３階、コンコースは地下２階で改札は南側とホーム中ほど２ヶ所にある。南側改札に近い出口は４ヶ所、うち１ヶ所は改札から200メートルぐらい離れて、高島屋タイムズスクエアの前にある単独出口である。残りのうち２ヶ所は山手通りの東側のビルに出る。北側改札からは地下１階の丸ノ内線コンコースに上がることができ、伊勢丹や三越のデパ地下に出られる。そのコンコースから地下２階に下りて地下通路を400メートルほど歩くと、新宿区役所や花園神社近くの単独出口に出ることができる。この辺りは前に13号線資料館があったところである。ホームの北側から階段を上がると直接丸ノ内線のホームに出られる。その距離わずか50メートル、最近開業した地下鉄では最も短い乗換えである。
東新宿は渋谷方面が地下５階、和光市方面が地下６階、両方面とも待避可能で、通過線が壁で隔てられた１面２線構造である。壁で隔てられたといっても、桜新町のように完璧に壁で隔てられておれず、壁の上の方に数十センチのスペースがある。和光市方面は東側が待避線、渋谷方面は西側が待避線になっている。コンコースは地下４階、和光市方面ホームと直接結ぶ階段、エスカレーターはなく、地下５階を経由することになる。改札は１ヶ所、南側出口へ上がる途中に大江戸線のコンコースに抜けられる通路がある。南側出口は明治通りの東側にある。エレベーターと共有しているため大きな単独出口となっており、その前もスペースがある。北側も明治通りの西側にある単独出口だが、こちらは小さく幅は２メートルもない。
西早稲田は地下３階、シールド工法のためか上下ホームは独立しており数ヶ所の通路で結ばれている。改札コンコースはホーム両端にある。北側コンコースから出られる出口は２ヶ所、西の方はエレベーター併設の２階建てでスーパーの隣、東の方はマンションの１階にありコンビに隣接している。その東の出口を出る途中には不動産屋がある。南側コンコースから出られる出口は西側１ヶ所、東側にも出口はあるがエレベーター専用である。西側出口の裏は早稲田大学の大久保キャンパスになっている。
雑司が谷は地下４階、西早稲田同様上下ホームはシールド工法で独立している。改札コンコースは両端にあり、北側は地下２階、南側は地下１階にある。南側は大きい単独出口でエレベーター出口と共有している。その前は小さい駐輪場が整備、そして都電に並行する側道になっている。出口を左折して100メートルほど線路沿いを歩くと、都電の鬼子母神の早稲田方面停留所、さらに踏切を渡ると三ノ輪橋方面停留所がある。南側コンコースはエレベーター専用出口とそうでないのが１ヶ所ずつ。エレベーター専用出口は教育文化センターの裏にあり、三ノ輪橋方面停留所に近い。もう１ヶ所の出口は動く歩道の先にあり、都電を越える目白通りに面している。
左カーブで都電と分かれ、東池袋駅をかすめるとグリーン大通りの下を走るようになる。JRや丸ノ内線の池袋駅を下を貫くと、副都心線の池袋駅に到着する。ホームは地下４階、改札は和光市寄りとホーム中ほどにある。ホーム中ほどと渋谷寄りのエスカレーターからは、地下２階コンコース経由で丸ノ内線のホームに抜けることができる。有楽町線とは改札外乗換えとなり、東武百貨店脇の地下通路などを500メートルほど歩くことになる。<
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