国家税務総局は18つの職能部門を設置しており、各部門の名称及び主要職責は以下の通りです。
（1） 弁公庁は、日常公務、秘書業務、及び機関行政管理事務を担当する。
（2） 政策法規司は、税収の政策及び税法業務を担当する。
（3） 貨物・労務税司は、増値税・消費税・車両購置税・輸出入税・文化事業建設費の政策と徴収管理を担当する。
（4） 所得税司は、企業所得税・個人所得税及び法律法規に規定された基金の政策と徴収管理を担当する。
（5） 財産・行為税司は、財産・行為税の政策の管理を担当し、財産・行為税徴収管理を指導監督する。
（6） 国際税務司は、国際税収、国際税務の協力・交流及び外事業務を担当する。
（7） 社会保険料司は、社会保険料及び関連する非課税所得の徴収管理を担当する。
（8） 納税サービス司は、納税サービスを担当する。
（9） 収入計画採算司は、税収の組織、税金の納付・入庫、税収の分析・予測、重点税源の監視、税務会計の統計採算、税収データ管理・応用を担当する。
（10） 徴収管理・科学技術発展司は、税収の徴収管理、及び税収管理情報化の建設を担当する。
（11） 大企業税収管理司は、大企業の税務サービス及び管理を担当する。
（12） 査察局は、税務の査察を担当する。
（13） 財務管理司は、税務システムの運営資金、設備、固定資産、インフラの管理を担当する。
（14） 監査・内部審査司は、税法執行の監督・検査、内部財務監査及びリーダーや幹部の経済的責任の監査を担当する。
（15） 人事司は、人事と組織編成を担当する。
（16） 党建工作局は、税務システムにおける党の建設、思想政治の構築及び巡視検査を担当する。
（17） 機関党委員会は、大衆政党の業務を担当する。
（18） 離職・退職幹部局は、機関の離職・退職幹部の業務対応、税務システムの離職・退職幹部の指導を担当する。
