ＣＩＡの軍事部門はベトナム戦争後に規模は縮小されていたが
民主党クリントン政権が公式に復活させたので規模も大きくできるようになった。
１９９７年に復活が決定され１９９９年にはまともな組織として成立している。
ＣＩＡの軍事部門のＣＩＡ特殊作戦群は合衆国陸軍特殊部隊群（グリーンベレー）の特殊部隊員などからスカウトされる。ノースカロライナ州フォート・ブラッグ、ケンタッキー州フォート・キャンベル、ジョージア州フォート・ベニングなど陸軍部隊拠点の周辺で人材を見つける。２００１年の同時多発テロ直後で気が動転し冷静さを欠いたアメリカで、ＣＩＡ特殊作戦群要員にも関わらずアフガニスタンでの戦死者第１号として美化され気味に報道された。
その後しばらくアフガニスタンで、ＣＩＡの軍事部門がＲＱ－１プレデター無人偵察機をＡＧＭ－１１４ヘルファイア対戦車ミサイルを発射できるように改造し、アルカイダの車両やタリバンの戦闘車両を攻撃している。ＲＱ－１プレデター無人偵察機は後にＭＱ－１プレデター無人多任務機としてＡＧＭ－１１４ヘルファイア対戦車ミサイル、５００ポンド誘導爆弾を運用できるようになるが、ＣＩＡの軍事部門はそれよりだいぶ早く無人偵察機を攻撃任務に充てていた。
