備忘録 the next generation

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ゲノムのN50 size

2009-04-07 17:11:26 | バイオインフォマティクス

論文を読んでいてゲノムのN50 sizeって何だろう?と調べてみると

アセンブルされたゲノムの長さのうち50%が、その長さのブロックか、それより長いブロックに属している。という指標ということらしい。

ニワトリだと、以下のような例があった。

  • contigs: N50 = 45kb (n=5863); longest contig = 625kb

長ければ長いほど良いのだろう。

図で描くとこんな感じか。
N50