macports用にダウンロードしたファイルの格納先

wget等でmacports以外の経路で取得したアーカイブは、以下のようにするとmacportsが使ってくれる。

sudo cp llvm-3.5-3.5.2_4.darwin_14.x86_64.tbz2 /opt/local/var/macports/incoming/verified/

IGVをごにょごにょする

Broad InstituteからダウンロードしたIGVをそのまま実行すると、外部のインターネットに接続できない環境ではエラーになったり、やたらと長い時間待たされたりするので、ごにょごにょとソースを編集してカスタマイズした上で利用することがあります。

今日はそんな方法のまとめを。
ちなみに今回は、IGV-2.3.57をカスタマイズしました。

まず、IGVのバイナリを入手してigv.jarファイルを展開しておきます。

次にIGVのGithubから修正したいソースのjavaファイルを取得します。
rawのボタンをクリックすると生ファイルが表示されるので、
それを保存するのが手軽です。
今回はorg/broad/igv/ui/Main.javaと
同ディレクトリのIGVCommandBar.java

ソースを修正します。
Main.javaはcheckVersion()の行をコメントアウト。
IGVCommandBar.javaの方はIGV.getInstance().loadGenomeFromServerAction()
の行をコメントアウト(後者は不要かな？)。

編集したファイルをjarファイルを展開した場所に置いておきます。

以下のコマンドでビルドします。
javac -cp $IGV/igv.jar IGVCommandBar.java Main.java -d .
($IGVは適宜設定してください)

セキュリティのチェックでひっかからないようにするため、
META-INF以下のMANIFEST.MF以外の２ファイルを削除します。
MANIFEST.MF内の下の方のシグニチャも消さないといけないかもしれません（長い）。

jar ファイルを作成します。

jar cvfm ../igv.jar META-INF/MANIFEST.MF *

あとはigv.sh等からこのjarファイルを使うように適切に設定するだけ。