備忘録 the next generation

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BioPerlのインストール

2012-09-25 16:35:57 | バイオインフォマティクス
CPAN経由でBioperlをインストールしようとしたら、以下のようなエラーが出て失敗した。

# Failed test 'Must pass a real file'
# at t/SeqIO/SeqIO.t line 135.
# expecting: Regexp ((?-xism:Can not open 'foo.bar' for reading: No such file or directory))
# found:

調べたところによると、ロケールが英語以外だと起きるらしい。解決法としては、bashなどでまず、

export LANG=C

を実行してから、perl -MCPAN -e shellなどと起動してBioperlをインストールすることになる。