QIIMEのsplit_libraries.pyでエラー Compiled module "_likelihood_tree" not found.

QIIME 1.7.0-dev をインストールして、split_libraries.pyを実行すると、以下のようなエラーが出た。

Compiled module "_likelihood_tree" not found. Will use pure Python/NumPy likelihoodihood tree.
Compiled module "_pairwise_pogs" not found. Will use slow Python alignment implementation.
Compiled module "_pairwise_seqs" not found. Will use slow Python alignment implementation.
Compiled module "_compare" not found. Will use slow Python dotplot.

適当に検索してみると、PyCogent(1.5.3)Cのライブラリが適切にインストールされていないのではないかということで、
python setup.py build_ext -if
とすると良いという方法が紹介されていたが、このコマンドでビルドしてインストールしても状況は
変わらなかった。

_likelihood_tree.soは、
/usr/local/lib/python2.7/site-packages/cogent/evolve/_likelihood_tree.so
のようなので、これにLD_LIBRARY_PATHを設定するも状況は変わらず。

よく見ると、_likelihood_tree.soのrフラグが立っていないので、これを立てたら
動くようになったようだ。
chmod 775 _likelihood_tree.so
setup.pyの不具合だろうか？