駅降り：山手線（秋葉原－鶯谷）

秋葉原は総武線がオーバークロスする構造、コンコースは総武線ホームの下１階にある。コンコースの西側には電気街口、出口は高架下から南北に分かれている。南側出口はあまり変化ないが、北側出口は再開発されきれいな駅前広場が整備された。東側の中央改札口はここ最近の改良工事で新設された。北側、ヨドバシカメラの前にはバスやタクシーの乗り入れるロータリーも整備された。つくばエクスプレスの入り口は、南側、北側両方にある。南側入り口付近はまだ改良工事中だった。

御徒町は南北にコンコースが２ヶ所ある構造。北口コンコースは春日通りに面しており、横断歩道を渡ったところはアメ横がある。春日通りの歩道は比較的狭いので、土日は買い物客でごった返している。東側には大江戸線の入り口、代々木と違い屋根つながりにはなってない。南口コンコースは階段が折り返すので、改札は上野方向を向いている。出口はクランク状の道に面しており、ガード下には飲食店が入居している。周辺は北口に比較すると商店が少ないものの、貴金属店やスーパーがあるので人通りはそれなりに激しい。

上野は高架６面12線、地平は頭端式の３面５線の９面17線構造、地下深くには２面４線の新幹線ホームがある。山手線、京浜東北線は一番西側の２面４線から発着する。コンコースは御徒町寄りのホーム下及び鶯谷寄りの橋上２本、橋上のうち１本は乗換え専用コンコースだがもう１本と｢ディラ上野｣でつながっている。また乗換え専用コンコースからは地平ホームへ降りることができる。山手線のホーム下コンコースを進むと不忍改札、改札を出てアトレ上野の中を進むと、山下口、西郷口、不忍口の３ヶ所に出られる。うち不忍口の前には銀座線へのスロープ入り口がある。ホーム下コンコースは当然他のホームへの乗換え通路につながり、それを進むと地平ホームの先にある中央改札口に出る。地平ホームの脇にはこの駅唯一の新幹線改札口がある。東京駅延伸前は橋上駅舎側にも改札があったが、現在ではこの地平コンコースの離れたところにあるだけである。
橋上コンコースの東側には入谷改札があり、東のペデストリアンデッキと西の公園を結ぶパンダ橋に面している。動物園に近いためか、入り口にはジャイアントパンダの巨大なぬいぐるみが置いてある。入谷改札から外に出ずに突き当たりの階段を降りると、入谷通路に出る。その北側が入谷口で台東区のバス｢めぐりんが｣が発着、南側が東上野口で昭和通りの上のペデストリアンデッキに通じている。西側には公園改札があり、一方通行の細い車道の向こうは上野公園になっている。

上野を出ると、西側の山に沿って走るようになる。鶯谷は南側に橋上駅舎、北側に地下通路経由で東の方に駅舎のある構造。南側の橋上駅舎は京浜東北線北行の上にあり、その前には小さいタクシーロータリーが整備されている。その前は凌雲橋という陸橋になっている。北側駅舎は通路より半レベル高いところにある。駅前広場は整備されておらず、周辺は商店やホテルが密集している。