マイクロアレイで疾患で発現量が増えたり減ったりしている遺伝子を特定しようということは最近はそこそこやられている。
ところがどっこい全く無関係の(同一家系とかではない)人のサンプル間で比較を行う場合は、もともと持ってるSNPとかの多型で発現量が違うこともあったり、あるいは疾患に関係なく昼と夜で発現の違う遺伝子とか、性別によって発現の違う遺伝子、あるいは前の日に食べたものに左右されていたりなど、色んなことが発現量の違いの原因になっている可能性がある。
マウスなんかは系統内での違いは小さそうだけど、ヒトなんかは何のコントロールもされていないのできっと大きいだろう。実際には、双子で発現の違いを見てみると血縁関係にない人同士の発現の違いより小さいというような実験が行われている。
GeneOntologyとかで発現の差を見る前にそういうもともと勝手に変動しているようなのは除いておきたいなーと思ったりして。やっぱり再現実験か双子のデータかどっちかは、いるのかなー。
ところがどっこい全く無関係の(同一家系とかではない)人のサンプル間で比較を行う場合は、もともと持ってるSNPとかの多型で発現量が違うこともあったり、あるいは疾患に関係なく昼と夜で発現の違う遺伝子とか、性別によって発現の違う遺伝子、あるいは前の日に食べたものに左右されていたりなど、色んなことが発現量の違いの原因になっている可能性がある。
マウスなんかは系統内での違いは小さそうだけど、ヒトなんかは何のコントロールもされていないのできっと大きいだろう。実際には、双子で発現の違いを見てみると血縁関係にない人同士の発現の違いより小さいというような実験が行われている。
GeneOntologyとかで発現の差を見る前にそういうもともと勝手に変動しているようなのは除いておきたいなーと思ったりして。やっぱり再現実験か双子のデータかどっちかは、いるのかなー。