サウスダコタ州では法人税を納付する必要がありませんが、以下の税金を適正に申告する必要があります。
1． 連邦所得税
内国歳入庁（IRS）の規定に基づき、全ての会社は納付すべき税額があるかどうかにかかわらず、暦年の課税期間を採用している場合、毎年3月15日（LLC）または4月15日（株式会社）までに所得税申告書を提出しなければなりません。所得税申告の期限延長を申請でき、延期後の期限は9月15日（LLC）または10月15日（株式会社）となります。注意すべき点としては、申告期限が延長されたとしても、会社は納税申告書の提出期限（延期を含まない）までに納付すべき税金を支払わなければなりません。さもなければ、相応の罰金及び利息が科されます。
2． 売上税・使用税（Sales or Use Tax）
会社はサウスダコタ州において経営する業務が小売業、または特定の課税サービスの提供に係る場合、売上税を納付することが義務付けられます。小売業者から購入した売上税を納付する必要のない商品をサウスダコタ州に使用・貯蔵またはその他の形式で消耗する場合、当該商品に対し使用税を納付することが必要となります。使用税は、サウスダコタ州の消費者がインターネット、電話または郵送を通じて州外から商品を購入してから、サウスダコタ州で使用する場合にも適用されます。
サウスダコタ州の売上税は、州税（4.5%）、地方税及び発生可能なその他の地方税によって構成されています。地方税の税率は各地区の状況によります。
3． 給与税（Payroll Tax）
サウスダコタ州で設立された会社は、米国で従業員を雇用しかつ給与を支払う場合、IRSに定期的にその給与と源泉徴収した給与税を報告し、かつ当該税額の全額を授権された銀行または金融機関の口座に振り込まなければなりません。会社は、従業員のために医療保険税（Social and Medicare）の雇用主負担分と連邦失業税を申告・納付する必要もあります。サウスダコタ州の雇用主は従業員のために失業保険税（UI）を支払う責任があります。サウスダコタ州では個人所得税がないため、雇用主は個人所得税を源泉徴収する必要がありません。
4． 年次更新（Annual Renewal）
サウスダコタ州で設立された全ての会社は、サウスダコタ州会社法に従って維持管理しなければなりません。サウスダコタ州会社は、サウスダコタ州における物理的な住所を有する登録代理人を選任する必要があります。当該登録代理人の役割は、会社に代わって法律文書を受領し、毎年サウスダコタ州政府に年次報告書を提出し、政府にビジネスライセンスを適正に更新することです（適用される場合）。年次報告書の提出期限は会社設立月の初日になります。期限までに年次報告書を提出しない場合、当該会社の状態は「滞納」となるだけではなく、追加滞納金も発生します。会社は「滞納」の状態が続くと、解散（Administratively Dissolved）となる可能性があります。
