少女時代に限らず最近のライブでは、ペンライトを振ったり掛け声をかけて応援することがめずらしくなくなっており、初めてライブを経験する方は戸惑うかも知れません。
少女時代の日本ツアーでは、入場券に来場者限定のペンライトが付いています。
（少女時代の応援カラー、パールピンクのもの。WOWOW招待スペシヤルライブについては不明）。
これを振りながら応援するのです。もちろんメンバーに気持ちよくパフォーマンスしてもらうのに大いに効果があります。
さらに、かなりの人が決まったタイミングで一斉に掛け声をかけます。これはファンの間で掛け声のかけ方を決め、それを事前に発表しているからです。（全世界共通の場合が多い）。
少女時代の掛け声に関しては、J-SONE連合から推奨応援法（掛け声）が公開されています。
なお、掛け声は決して強要するものではない旨、明記されております。
（J-SONE連合とは、少女時代を応援する日本の団体・サイト・SNS等の集まり）
私はJ-SONE連合に属しておりませんが、興味ある方は下記サイトを参照してください。
http://www.j-sone.net/
本来音楽を聴きにくる方にとっては、本人の歌声が聴きとりにくくなったりしますので、やめてほしいと思う場合もあるかも知れません。
しかしながら、ライブに集まるほとんどのファンは、メンバーと一緒に叫んだり歌ったりする一体感を感じたくて集まっているので、多勢に無勢で静かに歌声を聴くという雰囲気はありません。（バラードなど曲によっては静かに聴き入る場合もあります）。
私も本来、洋楽とジャズを中心に趣味にしていますので、座席に座ってじっくり生の歌声を堪能したいと思って来場された方がいれば同情はしますが、実際はライブ会場にそういった期待はできないです。（そういう来場者は1%にも満たないからです）。
もちろんマナーはできるだけ守る努力と姿勢はファンの間にありますが、現実的に考えればライブ会場でじっくり音楽を聴くという行為は無理です。CDを買って家でじっくり聴くことをお勧めします。
ライブでの魅力はミュージックビデオとはちがう、生のメンバーひとりひとりの個性ある発言や一挙手一投足を見ることができて、それは本当に素晴らしい体験になると思います。