先に投稿の通り、動作確認はできたのですが、テーマファイルエディターでheader.phpを見ると、アナリティクス用のコードが見当たりませんでした。サーバーから送られるhtmlには、確かにコードが付加されているのですが、<head>要素の最後に付加されています。
Googleサイトの説明では、<head>要素の最初に置くように指示があります。動作に問題はなさそうなのでそのままにしようと思いましたが、この際、直接テキストエディタでheader.phpファイルを書き換えて、最初に置きました。
すると、間違いなく<head>要素の最初に付加されましたが、プラグインで付加した内容もそのまま、<head>要素の最後に置かれたままでした。プラグインで挿入したコードがどこに保存されているのかは確認できませんでしたので、プラグインで付加した内容は元にもどし(空白をセーブ)たところ、コードは消えました。同作も問題なくしています。
一番最初にアナリティクスを導入した時、そんなに苦労した記憶もなく、すんなりできたので逆に何をしたのか覚えていなかったので、今回悪戦苦闘しました。
尚、最悪導入に失敗した時のために、ページ毎のアクセス数のみカウントするシェルスクリプトを作成し、cronに登録して実行させていましたが、もう必要ないかもしれません。