以下は、加計問題の時系列がまとめられたサイトの抜粋です。
短くまとめると、
『
2013年
3月に鳥インフルエンザの人間への感染例が報告
５月上旬 萩生田光一氏の『河口湖畔でバーベキュー』の写真、
11月18日 東京・赤坂の日本料理店。
2014年 安倍首相と加計孝太郎氏が会食が記録
6月17日 東京・芝公園のフランス料理店。
12月18日 東京・銀座の中国料理店。
12月21日 東京・赤坂の飲食店。
2015年 4月「首相案件」の内閣府藤原次長と柳瀬首相秘書官の面談書類が作成
6月に「日本再興戦略」を改訂し、「獣医師養成系大学・学部の新設検討」を閣議決定。
9月4日に大阪「かき鐡」で冬柴大氏らと、会食している写真（森友疑惑）
9月5日に昭恵夫人の講演会での写真と100万円入金の領収書（森友疑惑）
その年の12月に昭恵夫人の『男達の悪巧み』がfacebookに掲載
2016年に今治市が国家戦略特区に指定され、
京都府が国家戦略特区での獣医学部新設を提案するも却下
2017年に、内閣府と文科省が、今治市を獣医学部新設を特区に認定。
1月4日に事業者の公募を開始し、20日に唯一の応募者だった加計学園に決定
5月17日 朝日新聞が、加計問題で「総理のご意向」報道
2018年 4月10日 朝日新聞が 2015年4月２日の「首相案件」メモを報道、
11:30 内閣府の藤原 地方創生推進室次長と面談
『要請の内容は総理官邸から聞いており、、、かなりチャンスがあると思っていただいてよい。』
15:00 柳瀬首相秘書官と面談
『本件は、首相案件となっており、、、・加計学園から、先日安倍総理と…』
中村時広愛媛県知事が職員のメモの存在を認め、
「私が意図していないこと、私的なことについて、私の秘書官（柳瀬氏）が首相の意向を振り回すということはあり得ない」』
ーーーーーーーーーーーーーーー 以下参考記事 ーーーーーーーーーーーーーーー
加計問題「首相案件」の記録、ホントに「あり得ない」？ 時系列で見てみると…。
https://www.huffingtonpost.jp/2018/04/09/kake-mondai_a_23407158/
『
■2007年（〜14年11月） 愛媛県、今治市が獣医学部新設を提案
「構造改革特区」での学部新設を15回提案。いずれも却下。
■2012年 第2次安倍政権が発足
■2013年 愛媛県側、獣医学部新設の規制緩和を要望
●5月上旬
安倍首相、加計孝太郎氏（加計学園理事長）、萩生田光一氏らが河口湖畔でバーベキュー
「はぎうだ光一の永田町見聞録」より
●5月8日
教育再生実行会議で、加戸守行・前愛媛県知事が獣医学部の規制緩和を要望
安倍首相のミャンマー訪問に加計氏が同行
●11月
安倍首相、都内で加計氏らと食事
■2014年 安倍首相、加計氏らと複数回食事
●6月、12月
安倍首相、都内で加計氏らと食事
■2015年 愛媛県、今治市、学園関係者が首相官邸を訪問
●4月2日
愛媛県、今治市、加計学園の各担当者が首相官邸を訪問。柳瀬首相秘書官（当時）らと面会。
「要請の内容は総理官邸から聞いている」
「政府として、きちんと対応しなければならない。知恵を出し合って進めていきたい」
「これまでの事務的な構造改革特区とは異なり、国家戦略特区の手法を使って突破口を開きたい」
「二、三枚程度の提案書を作成していただき、早い段階で相談してほしい」
●4月13日
愛媛県、4月2日の「面会」についての記録文書を作成。
この文書では、柳瀬氏の主な発言として、
「本件は、首相案件となっており、
内閣府藤原次長の公式のヒアリングを受けるという形で進めていただきたい」
「自治体がやらされモードではなく、死ぬほど実現したいという意識を持つことが最低条件」と記している。
●6月4日
愛媛県、今治市が国家戦略特区での学部新設を提案
●6月30日
「日本再興戦略」の改訂を閣議決定。「4条件」を付した「獣医師養成系大学・学部の新設検討」が盛り込まれる
●8月、9月
安倍首相、山梨県内で加計氏らと食事、ゴルフ
●12月24日
安倍昭恵氏がFacebookに安倍首相と加計氏らが懇談する写真を投稿
安倍昭恵氏のFACEBOOKより
■2016年 文科省は獣医学部新設に慎重姿勢
●1月29日
今治市、国家戦略特区に指定される
●3月18日
安倍首相、都内で加計氏らと食事
●3月24日
京都府が国家戦略特区での獣医学部新設を提案
●7月21日〜22日
安倍首相、山梨県内で加計氏らと食事・ゴルフ
●8月10日
安倍首相、山梨県内で加計氏、秘書官らと食事
●8月11日
安倍首相、山梨県内で加計氏らとゴルフ
●9月16日
文科省、国家戦略特区ワーキンググループで
「具体的な需要が明らかになってから検討」と獣医学部新設に慎重な姿勢示す。
●9月21日
国家戦略特区今治市分科会の初会合。今治市側が獣医学部新設の構想を説明
●9月26日
内閣府、文科省の関係者が打ち合わせ。
文科省、2018年4月の獣医学部開設が前提だと「総理のご意向」「官邸の最高レベルが言っている」などと内閣府から伝えられたという文書を作成。
●10月2日
安倍首相、都内で加計氏らと食事
●11月9日
国家戦略特区諮問会議で「広域的に存在しない地域」での学部新設を認める方針が決まる
●12月24日
安倍首相、都内で加計氏らと食事
■2017年 「加計問題」が明らかに
●1月4日
内閣府と文科省、今治市での獣医学部新設を特区に認定。
事業者の公募を開始。
●1月20日
・唯一の応募者だった加計学園に決定
・安倍首相は加計学園の学部新設計画について、この時に初めて知ったと説明
●5月17日 朝日、加計問題で「総理のご意向」報道
・朝日新聞が加計学園の獣医学部新設をめぐり、「総理のご意向」「官邸の最高レベル」などと記された文書の存在を報道。
「加計問題」めぐる報道が始まる
・菅義偉官房長官「全く、怪文書みたいな文書じゃないか。出どころも明確になっていない」と文書の存在を否定
●5月22日
読売新聞が前川喜平氏（前文科事務次官）について「出会い系バー通い」と報道。
●5月25日
前川氏、加計学園を前提に獣医学部新設の検討が進んだとして「行政がゆがめられた」。
●6月15日 文科省、「総理のご意向」文書の存在認める
松野博一文科相（当時）、加計学園の手続きをめぐり
「総理のご意向」「官邸の最高レベル」などと記された文書14通の存在が確認されたと発表。
●7月10日 国会・閉会中審査で加計学園問題を議論
・前川氏 「平成30年4月開学が大前提だった」「初めから加計学園に決まるよう進めてきたとみえる」
・加戸氏「『加計ありき』と言うが、12年前から声をかけてくれたのは加計学園だけ」
●11月14日
林芳正・文科相、加計学園の獣医学部の新設を認可
■2018年 加計学園の獣医学部、開学
●4月3日 加計学園、岡山理科大・獣医学部で入学式
●4月10日
愛媛県が作成したとされる「記録文書」の存在を報道
中村時広・愛媛県知事が「職員が備忘録として書いたことは間違いない」と、文書の存在を認めた。
加計新設へ官邸指南
“要請は総理官邸から聞いている”
本紙入手面会記録 内閣府の藤原次長（当時）
https://www.jcp.or.jp/akahata/aik18/2018-04-11/2018041103_01_1.html
『藤原氏は「ポイントを絞ってインパクトのある形で、２、３枚程度の提案書案を作成いただき、早い段階で相談されたい」と提案。獣医学部新設に反対していた日本獣医師会と「真っ向勝負にならないよう、既存の獣医学部と異なる特徴」を出すように勧めていました。
実際に、今治市は、１５年６月５日に開かれた国家戦略特区ワーキンググループのヒアリングで３枚のカラー資料を提示。「国際水準の獣医学教育特区」などとして、従来の獣医学教育との違いを強調していました。
藤原氏は「かなりチャンスがあると思っていただいてよい」とも説明。構造改革特区で何度も却下された規制緩和提案を、一官僚が太鼓判を押してすすめるのは異様で、官邸の意向をうかがわせる内容となっています。
安倍晋三首相はじめ内閣府は、“加計ありき”で獣医学部新設が進んできたことを否定してきました。しかし、面会記録のやりとりには、加計学園が大前提だったことが明確に記されています。』
「首相案件」面会メモ 愛媛知事が認めた加計文書全文
https://www.asahi.com/articles/ASL4B5R7XL4BUTIL03H.html
２７．４．１３
地域政策課
１ ４／２（木）、獣医師養成系大学の設置について、県地域政策課長・今治市企画課長・加計学園事務局長らが内閣府藤原次長及び柳瀬首相秘書官らとそれぞれ面談した結果は、次のとおり。
《藤原地方創生推進室次長の主な発言（内閣府）１１：３０》
・要請の内容は総理官邸から聞いており、県・今治市がこれまで構造改革特区申請をされてきたことも承知。
・政府としてきちんと対応していかなければならないと考えており、県・市・学園と国が知恵を出し合って進めていきたい。
・そのため、これまでの事務的な構造改革特区とは異なり、国家戦略特区の手法を使って突破口を開きたい。
・国家戦略特区は、自治体等から全国レベルの制度改革提案を受けて国が地域を指定するものであるが、風穴を開けた自治体が有利。仮にその指定を受けられなくても構造改革特区などの別の規制緩和により、要望を実現可能。
・今年度から構造改革特区と国家戦略特区を一体的に取り扱うこととし、年２回の募集を予定しており、遅くとも５月の連休明けには１回目の募集を開始。
・ついては、ポイントを絞ってインパクトのある形で、２、３枚程度の提案書案を作成いただき、早い段階で相談されたい。
・提案内容は、獣医大学だけでいくか、関連分野も含めるかは、県・市の判断によるが、幅広い方が熱意を感じる。
・獣医師会等と真っ向勝負にならないよう、既存の獣医学部と異なる特徴、例えば、公務員獣医師や産業獣医師の養成などのカリキュラムの工夫や、養殖魚病対応に加え、ペット獣医師を増やさないような卒後の見通しなどもしっかり書きこんでほしい。
・かなりチャンスがあると思っていただいてよい。
・新潟市の国家戦略特区の獣医学部の現状は、トーンが少し下がってきており、具体性に欠けていると感じている。
《柳瀬首相秘書官の主な発言（総理官邸）１５：００》
・本件は、首相案件となっており、内閣府藤原次長の公式のヒアリングを受けるという形で進めていただきたい。
・国家戦略特区でいくか、構造改革特区でいくかはテクニカルな問題であり、要望が実現するのであればどちらでもいいと思う。現在、国家戦略特区の方が勢いがある。
・いずれにしても、自治体がやらされモードではなく、死ぬほど実現したいという意識を持つことが最低条件。
・四国の獣医大学の空白地帯が解消されることは、鳥インフル対策や公衆衛生獣医師確保の観点から、農水省・厚労省も歓迎する方向。
・文科省についても、いい大学を作るのであれば反対しないはず。
・獣医師会には、直接対決を避けるよう、既存の獣医大学との差別化を図った特徴を出すことや卒後の見通しなどを明らかにするとともに、自治体等が熱意を見せて仕方がないと思わせるようにするのがいい。
・加計学園から、先日安倍総理と…』
「首相案件」愛媛県側認める 面会の秘書官発言
https://mainichi.jp/articles/20180411/k00/00m/010/132000c
『。。。柳瀬氏が県職員らに「本件は、首相案件」などと発言したことを記した文書を写真付きで報道。これを受けて中村氏が庁内を調べたところ、職員が「間違いなく自分で書いたものだ」と認めた。会議に参加し、口頭報告のため内容を記録したという。
共同通信が入手した文書によると、柳瀬氏との面会より前に、首相と加計氏が会食した際、
下村博文文科相（当時）が「加計学園は課題への回答もなくけしからん」と述べたことが話題になった。
学園幹部はこのことに言及し、対策について柳瀬氏に意見を求めた。
柳瀬氏からは「国家戦略特区の提案書とあわせて課題への取り組み状況を整理して、文科省に説明するのがよい」との助言を得たという。
また、同じ１５年４月２日、内閣府の藤原豊地方創生推進室次長（当時）との面会では、
藤原氏から「要請の内容は総理官邸から聞いている」「政府としてきちんと対応しなければならない」などの発言があった。』