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QIIMEの実行時エラー ft2font.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsEncodedString

2015-06-30 10:16:20 | 日記
先日のQIIMEを動かしていると、以下のようなエラーが出た。

ImportError: /usr/local/genome/qiime_1.9.0/python-2.7.3-release/lib/python2.7/site-packages/matplotlib-1.3.1-py2.7-linux-x86_64.egg/matplotlib/
ft2font.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsEncodedString


Pythonセットアップ時にほとんどのQIIME関連モジュールはリビルドが走ったようだったが、matplotlib内の共有オブジェクトはリビルドされなかったらしい。matplotlibのディレクトリでpython setup.py buildを何回繰り返してもft2font.soはリビルドされないようなので、matplotlibのソースの方のbuildを削除してリビルド、再インストールを行うと直った。

summary:

The shared object ft2font.so of matplotlib was not rebuild for UCS2.
I had to rm -rf ./build in matplotlib source directory before rebuilding them.

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