日本に初めてコレラが発生したのは、最初の世界的大流行が及んだ1822年(文政5年)のことで、それ以前にはコレラは見られない。朝鮮半島を経由したか、琉球からかは明らかでないが、九州から始まって東海道に及んだものの、いかなる理由からか、箱根を越えて江戸に達することはなかった。
2回目の世界的流行時には波及を免れたが、3回目は再び日本に達し、1858年(安政5年)から3年にわたり、全国を席巻する大流行となった。いわゆる「安政コレラ」で、江戸だけで10万人が死亡したといわれる(この死者数については、過大である、信憑性を欠く、との説もある)。1862年には、残留していたコレラ菌により3回目の大流行が発生、56万人の患者が出て、江戸では7万3000人が死亡した。
以後、明治に入っても2~3年間隔で万人単位の患者を出す流行が続き、1879年、1886年には死者が10万人台を数え、日本各地に避病院の設置が進んだ。 1890年には日本を訪問していたオスマン帝国(現トルコ)軍艦、エルトゥールル号の海軍乗員の多くがコレラに見舞われた。1895年には軍隊内で流行し、死者4万人を記録した。
このような状況が改善され、患者数も1万人を切ってコレラの脅威が収まるのは1920年代になってからである。その後は、第二次世界大戦敗戦の混乱期にアジア地域からの引揚者により持ち込まれて560人の死者を出した例や、1977年に和歌山県下で感染経路不明のエルトール型の集団発生があったほか、海外からの帰国者が発病する孤発例が時折見られる。1978年以降、神奈川県の鶴見川をはじめ、埼玉県や千葉県の河川水からコレラ菌が検出される事例はあったが、発病者は生じていないという説もある。
また、2001年6月~7月に、隅田川周辺に居住し、日常の煮炊きをはじめ生活用水として公園の身体障害者用トイレの水を利用し、隅田川で採れた亀を数人で調理して食用としていた路上生活者2名がコレラを発病し、2006年6月にも、路上生活者1名がコレラを発病した。いずれも、感染経路は明確でないが、国内で感染したと推測されている。
今ではコレラ菌より、新型インフルエンザのほうが怖いですね。
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また、2001年6月~7月に、隅田川周辺に居住し、日常の煮炊きをはじめ生活用水として公園の身体障害者用トイレの水を利用し、隅田川で採れた亀を数人で調理して食用としていた路上生活者2名がコレラを発病し、2006年6月にも、路上生活者1名がコレラを発病した。いずれも、感染経路は明確でないが、国内で感染したと推測されている。
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