詳細は分からないけど、記事の通りなら、本人が高熱でどうにもならなかったのなら手続きが遅れたことだけで留年はひどいかと思います。
なんでも、杓子定規に処理するのではなく、個々に丁寧に対応してあげれば、いつの日か、大きな財産となって戻って来ることもあるから。
高熱がずっと続いたとは思いにくいけど、コロナの場合、家から出たらダメという期間があるし、中々、手続きもできないかもしれないですよ。
まして、若いから、電話だけでも、学校の事務にかけておけばよかったのかもしれないという考えも浮かばなかったかもしれないし。
頭脳が優れていることと、現実生活をこなす能力は別ですから。