想像でしかありませんが、JR西日本には災害対策（危機管理）マニュアルがないのではないでしょうか。
「積雪量が想定を超えた」などは言い訳に過ぎません。計画運休や間引き運転などの手段もあったと思いますし、気象情報収集ができていなかったのではないでしょうか。
コンビニ限らず小売業では何らかの理由で配送が滞る事があります。コンビニでは大雪などで遅延を避けるために、通常よりも早い時間で店舗まで届けるようになっています。
基本的にコンビニは在庫が最小限になるようにしていますので、今回ような事が起きるのはあり得ます、
