浦賀水道から東京湾に進むゴジラ。
海上自衛隊の護衛艦、陸上自衛隊のヘリコプターがゴジラを攻撃する。
しかし海上自衛隊の護衛艦、陸上自衛隊のヘリコプターはゴジラの熱線攻撃を受け爆発炎上する。
陸上自衛隊のスーパーＸ２が発進する。
陸上自衛隊のスーパーＸ２はゴジラの熱線を１万倍に増幅して反射。
ゴジラは苦しみ海に戻る。
ゴジラの東京上陸は避けられた。
黒木特佐は抗核エネルギーバクテリアを強奪したサラジア共和国シークレットサービス工作員の海外脱出を防ぐため浦賀水道でのゴジラとの戦闘は継続中と発表させる。
ゴジラが現れたので成田空港から航空機は発着できないと空港公団はアナウンスする。
サラジア共和国シークレットサービス工作員はサラジア・オイル・コーポレーション支社のある大阪へ向かう。
神戸港からサラジアへ出向するサラジア・オイル・コーポレーションのタンカーに乗るつもりのサラジア共和国シークレットサービス工作員。
サラジア共和国シークレットサービス工作員はサラジア・オイル・コーポレーション大阪支社の金庫に抗核エネルギーバクテリアを隠す。
陸上自衛隊スーパーＸ２の合成ダイヤモンド製ファイアーミラーもゴジラの熱線を浴び続け劣化、損傷してくる。
陸上自衛隊スーパーＸ２は基地に戻る。
ゴジラは小田原に上陸、芦ノ湖に向かう。
ゴジラはビオランテとバトルになる。
ゴジラ細胞でできたビオランテ、ゴジラの分身だった。
呼び寄せられるように芦ノ湖のビオランテに接近してきたゴジラ。
ゴジラの熱線攻撃を受け炎上するビオランテ。
白神博士は「死ぬはずがない。」と言う。
ゴジラは駿河湾に消える。
三枝未希にゴジラを探させる黒木特佐。
ゴジラは遠州灘、浜松沖２００ｋｍ地点にいた。
ゴジラは大飯原子力発電所、高浜原子力発電所、美浜原子力発電所、敦賀原子力発電所、動燃ふげん原子炉のある若狭湾に向かうと思われる。
黒木特佐は名古屋、知多半島、志摩半島、渥美半島、伊勢湾に陸上自衛隊、海上自衛隊の部隊を展開させる。
しかしゴジラは紀伊水道から大阪湾に向かう。
名古屋周辺に展開している陸上自衛隊、海上自衛隊を大阪に向かわせるのは時間が足りない。
三枝未希を関西国際空港建設基地に立たせゴジラと対峙させる一方、
三枝未希がゴジラを食い止め時間稼ぎしている間に権藤一等陸佐に抗核エネルギーバクテリアを奪還させ、抗核エネルギーバクテリア砲を準備する。
ゴジラを食い止める三枝未希。
権藤一等陸佐はサラジア・オイル・コーポレーション大阪支社に侵入、抗核エネルギーバクテリアを取り返す。
安治川、中之島、大川、寝屋川と進み、寝屋川と第２寝屋川に囲まれた京橋に入るゴジラ。
陸上自衛隊スーパーＸ２は京橋の松下興産ナショナルタワー横 でホバリング、建設中のクリスタルタワー後方にゴジラを確認する。
抗核エネルギーバクテリア弾をカール・グスタフ８４ｍｍ無反動砲に装填する権藤一等陸佐。
権藤一等陸佐が率いる部隊はカール・グスタフ８４ｍｍ無反動砲と抗核エネルギーバクテリア砲を装備し、
松下興産ナショナルタワー（パナソニックタワー）、松下興産ＭＩＤタワー、OＢＰキャッスルタワー住友生命ＮＥＣ関西ビル、建設中のクリスタルタワーに展開する。
抗核エネルギーバクテリア弾をカール・グスタフ８４ｍｍ無反動砲に装填する権藤一等陸佐。
陸上自衛隊スーパーＸ２はゴジラと激闘後、墜落、爆発炎上。
権藤一等陸佐たちはカール・グスタフ８４ｍｍ無反動砲から抗核エネルギーバクテリア弾をゴジラに向けて発射。
ゴジラに突き刺さる抗核エネルギーバクテリア弾。
権藤一等陸佐は撤退せず、さらにカール・グスタフ８４ｍｍ無反動砲に抗核エネルギーバクテリア弾を装填する。
ゴジラは権藤一等陸佐のいる松下興産ナショナルタワーに接近する。
権藤一等陸佐は口を開いたゴジラにカール・グスタフ８４ｍｍ無反動砲から抗核エネルギーバクテリア弾を発射。
ゴジラは抗核エネルギーバクテリア弾を口から摂取する。
しかしゴジラは松下興産ナショナルタワーを破壊。
権藤一等陸佐は死んだ。
ゴジラは大阪北部を通り丹波山中から若狭湾に進む。
