変形労働時間制と法定休日（週休制・変形週休制）とは別個の制度であって、次に述べる以外、両者の関連は無いです。前者は労働時間の、後者は休日の制度です。後者は
| ・週休制 | １週最低１日の休日（法３５条１項）付与を義務付け、こちらが原則。 |
| ・変形週休制 | ４週の起算日を就業規則等に特定することにより、特定４週ごとに最低４休日をもけることで法を満たし、原則である週休制の例外となる（法３５条（２）、規１２条の２（２））。変形休日制ともいう。 |
の２つに分けられます。
変形労働時間制と週休制の両者がわずかにかかわるのは、１年単位の変形労働時間制において、週休制をさらに制約した休日設定を求めているところにあります。通常は６連勤を最長とし休日をはさまなければなりません。さらに繁忙期として特定期間を協定にもりこめば、週１日の休日をあたえればよいというのであって、これは週休制そのものです。よって、１年単位の変形労働時間制においては、変形週休制は組めない。（なお、１年単位の変形労働時間制の６連勤における週の刻みは、週休制の起算曜日とは別に、変形期間の初日の曜日とすることに注意。）
また、１か月単位の変形労働時間制を組めば、自動的に変形週休制が適用される、ということもありません。変形期間を４週にしているならともかく、暦月を単位にすれば、４週の区切りとずれていくのが自明であり、労働時間制とは別に、４週ごとに法定休日４日を要求される。月４日と言い換えるのは誤りである。さらに就業規則では４週の起算日の明記を要求されている（労基法規則12の2(2)）。任意に区切った４週ではない。起算日の記載がない就業規則の元では、原則の週休制でしかない。
１年単位にしろ、１か月単位の変形労働時間制にしろ、週の起算日は変形期間初日の曜日起算となり、これは労働時間のカウントに用いられる(*)。しかし休日の週は変形労働時間制の初日が何曜日はじまりとなっても、かわることなく同一曜日不変である。よって労働時間をカウントする週と、休日がいつあるのか判別する週区切りとはずれても支障はない。
注意
*週の起算曜日固定で、変形期間の第１週を７日未満で労働時間をカウントすることも可能。この場合の週法定労働時間は、７日未満日数で求まる時間に置き換える。 暦日数×４０÷７
以上みてきたとおり、変形労働時間制は労働時間の制度、週休制とは別物です。
（2017年10月15日投稿 2021年4月30日編集）
