法定労働時間の例外である変形労働時間では、時間外労働を
| 日 | その日の所定労働時間を超えて働いた時間、ただしその日の所定労働時間が８時間以下の日は法定労働時間の8時間を超えて働いた時間 | 法定休日労働を除く（以下同じ） |
| 週 | その週の所定労働時間を超えて働いた時間、ただしその週の所定労働時間が４０時間以下の週は法定労働時間の週40時間を超えて働いた時間 | 日においてすでに時間外労働とした時間を除く |
| 変形期間 | 変形期間※における法定労働時間の総枠 （ ＝ 暦日数※ × 40 ÷ 7））を超えて労働した時間 | 日、週においてすでに時間外労働とした時間を除く |
の３段階で把握します。
なお変形期間の総枠だけで時間外を判定することはできません。かならず、日、週、変形期間の３段階での判定に付します。週については就業規則に規定してなければ、暦に従い日曜に始まり土曜日で終わります。なお、法定休日とした日（０時から２４時まで）の労働はこのカウントには入りません。
それでは具体的に数字をあげて見ていきましょう。（カッコ書きで週累計時間を記載していますが、週の時間外労働算出する計算過程をわかっていただけるように列記しました。）
| 所定労働時間 | 実労働時間 | 時間外労働の部分 | ||
| 日 | 週(週累計) | |||
| 1水 | 8:00 | 8:00 | 0:00 | （8:00） |
| 2木 | 8:00 | 8:00 | 0:00 | （16:00） |
| 3金 | 8:00 | 8:15 | 0:15 | （24:00） |
| 4土 | 休日 | 8:00 | 0:00 | 8:00 |
| 5日 | 休日 | 休日 | 0:00 | （0:00） |
| 6月 | 9:00 | 9:00 | 0:00 | （9:00） |
| 7火 | 9:00 | 9:00 | 0:00 | （18:00） |
| 8水 | 9:00 | 9:00 | 0:00 | （27:00） |
| 9木 | 9:00 | 9:00 | 0:00 | （36:00） |
| 10金 | 9:00 | 9:15 | 0:15 | （45:00） |
| 11土 | 休日 | 3:11 | 0:00 | 3:11 |
| 12日 | 休日 | 休日 | 0:00 | （0:00） |
| 13月 | 7:00 | 7:00 | 0:00 | （7:00） |
| 14火 | 7:00 | 7:00 | 0:00 | （14:00） |
| 15水 | 7:00 | 7:00 | 0:00 | （21:00） |
| 16木 | 7:00 | 7:15 | 0:00 | （28:15） |
| 17金 | 7:00 | 8:25 | 0:25 | （36:15） |
| 18土 | 休日 | 4:35 | 0:00 | 0:50（40:00） |
| 19日 | 休日 | 休日 | 0:00 | （0:00） |
| 20月 | 8:00 | 8:00 | 0:00 | （8:00） |
| 21火 | 8:00 | 8:00 | 0:00 | （16:00） |
| 22水 | 8:00 | 8:00 | 0:00 | （24:00） |
| 23木 | 8:00 | 8:00 | 0:00 | （32:00） |
| 24金 | 8:00 | 8:15 | 0:15 | （40:00） |
| 25土 | 休日 | 2:35 | 0:00 | 2:35 |
| 26日 | 休日 | 休日 | 0:00 | （0:00） |
| 27月 | 6:00 | 6:00 | 0:00 | （6:00） |
| 28火 | 6:00 | 6:00 | 0:00 | （12:00） |
| 29水 | 6:00 | 6:00 | 0:00 | （18:00） |
| 30木 | 6:00 | 6:00 | 0:00 | （24:00） |
| 31金 | 6:00 | 8:45 | 0:45 | （32:00） |
| この月時間外合計 | 1:55 | 14:36 | ||
次に週ごとの数値を再掲してみましょう。
| 週の所定労働時間(a) | 週の法定総枠(b) | 実労働時間（c：日で時間外とした部分を除く） | 週における時間外（ｃーmax(a,b)) | |
| 第１週 | 24:00 | 22:51 | 32:00 | 8:00 |
| 第２週 | 45:00 | 40:00 | 48:11 | 3:11 |
| 第３週 | 35:00 | 40:00 | 40:50 | 0:50 |
| 第４週 | 40:00 | 40:00 | 42:35 | 2:35 |
| 第５週 | 30:00 | 34:17 | 32:00 | 0:00 |
| 計 | 14:36 |
週別に解説しましょう。７日未満の端数週となる第１週、第５週はこのあとで説明します。
次に端数週は、法定労働時間４０時間をその端数週の暦日数でもとめた時間数に置き換えします。通常の労働時間制ですと、日、週の２段階ですが、変形労働時間制は変形期間ごとに清算しますので、同期間をまたぐ週はそれぞれに切り分けての計算となります。
この総実労働時間から、日、週で時間外とした時間を控除し、法定総枠との比較で、変形期間での時間外労働を求めます。
結果、この変形期間の総時間外労働：
【ご参考】
| 暦日数 | 計算値 | 時間：分 （分未満切り捨て） |
| ２８日 | 160.000 | 160時間00分 |
| ２９日 | 165.7143… | 165時間42分 |
| ３０日 | 171.4286… | 171時間25分 |
| ３１日 | 177.1429… | 177時間08分 |
| 暦日数 | 計算値 | 時間：分 （分未満切り捨て） |
| １日 | 5.714… | 5時間42分 |
| ２日 | 11.428… | 11時間25分 |
| ３日 | 17.142… | 17時間08分 |
| ４日 | 22.857… | 22時間51分 |
| ５日 | 28.571… | 28時間34分 |
| ６日 | 34.285… | 34時間17分 |
| ７日 | 40.000 | 40時間00分 |
最後に、フレックスタイム制で認められている総労働時間のうち法定総枠（31日の月なら177時間8分）超えたところから時間外労働とするのを、１カ月単位、１年単位の変形労働時間制にあてはめるのは間違いです。上の例では、たまたま一致したにすぎません（197：31－177：08＝20：23）。たとえば月間所定労働時間１６０時間の月に毎日こつこつ45分残業し時間１７５時間に達したとします。フレックス制ではなるほど時間外労働０分ですが、変形労働時間制では、日８時間超えの４５分２０日残業したので、１５時間分の時間外労働が発生しています。
