リンク先Ｑ＆Ａに立った質問、早期に締められてしまったので、ここで回答してみます。質問内容はリンク先を参照ください。
36協定の特別条項の発動について（日本の人事部Ｑ＆Ａ）
答えは、発動したら残業できないとなります。回数制限にひっかからなくても、時間外４０時間、休日労働２０時間と、すでにあわせて特別条項枠に到達している状態ですので、発動した瞬間、時間外も休日労働もいっさいできないことになります。
できるのは、特別条項を発動することなく、一般条項の枠である時間外残り枠５時間、協定でゆるされた回数の法定休日労働にてこなすことになります。なお、法定休日労働は曜日特定等講じているのでなければ、一般的には時間外労働できなくなった瞬間、法定休日労働もできなくなってしまうでしょう。
また追加の質問にもあるように、ほかの年枠や単月１００時間、複数月平均８０時間も先に到来するようならこちらも厳守せねばなりません。
（2024年9月15日投稿）
