学術論文の内容が既存の特許のクレームと酷似した場合

既存の研究論文としてすでに公開されている技術的発明は、特許化しようとしても、拒絶査定されるのは明らかである。

その逆の場合や、既存のクレーム回路の一部や、部品の使い方が告示しているものを対象に報告書を出版依頼しようとしていたらどうなるか？

この場合、自分で気づかずに、出版へ進めば特に問題ないと思えます。
レフェリーがペーパーの内容が学術的に面白く、新規性のある議論がなされていると判定してくれればそれで良いのです。
たとえ、調査の結果、先行するクレームがあったとしても、特許を実施して、商品販売しない限り、権利侵害にはならないので、
あくまでも、学問として新規性のある議論が展開できるのであれば、一部分が似通っていても、全く問題はないと考えて良いでしょう。
むしろ、発見した既存特許を参考にし、自分の考察をより深めたり、既存技術の弱点や欠陥を指摘したり、さらに改善する方法を考察すると、かえって得るものは大きくなります。
そればかりか、既に一部が特許になっていることだし、その発明や議論は、容易に気づくものではなく、学術論文としても新規性があり、高い価値があることを逆に保障してくれています。

そんな場合も諦めずに、議論を展開すれば良いのです。製品として販売さえしなければ全く問題ないはずです。

つまり、先行クレームを含む学術論文の出版は著作権侵害にはならないものだと考えていいはずだと思います。これに反論のある方。理由をご説明いただけると幸いです。
発明者もそのような論文で改善方法をしったり、理論的サポートを得られると、製品にもフィードバックでき喜ぶに違いありません。
学問はそういうもののために存在しても構わないはずですよね。