弾力的な労働時間制・適用除外者等
変形労働時間制
労基法３２条の法定労働時間よりも労働時間が多い週・日もあれば，少ない週・日もある場合には，変形労働時間制を採用することは，時間外割増賃金請求に対する抗弁となり得ます。もっとも，恒常的に法定労働時間を超える残業がある場合には，変形労働時間制を採用しても時間外労働時間数を抑制することはできません。法定休日に労働させれば休日割増賃金の支払が，深夜に労働させれば深夜割増賃金の支払が必要となることに変わりありません。
変形労働時間制を採用する場合には，労使協定の締結・届出等や，各日の所定労働時間の特定が必要となります。所定の手続を怠った場合は，変形労働時間制は無効となり，原則どおり労基法３２条の法定労働時間が適用されることになります。労基法上の適法要件となっている手続を取らずに法定労働時間を超える所定労働時間のシフト制を採用している事例，労働者代表の選任手続が適切になされていないため労使協定が無効になりその結果として変形労働時間制も無効となっている事例，各日の所定労働時間の特定がなされていないため変形労働時間制が無効となっている事例，変形労働時間制を採用すれば週４０時間を超えて労働させなければ１日何時間労働させても時間外労働にはならないと誤解されている事例等が散見されます。無効な変形労働時間制を採用しても，時間外割増賃金請求に対する抗弁にはなりませんので，変形労働時間制を採用とする場合は，弁護士法人四谷麹町法律事務所にご相談下さい。
フレックスタイム制
フレックスタイム制は，労使協定の定める１か月などの単位期間について，一定の時間数労働することを条件に，始業・終業時刻を個々の労働者が自ら決定する労働時間制です。
フレックスタイム制では，始業・終業時刻を自由に選択できる時間帯（フレキシブルタイム）と，必ず勤務すべき時間帯（コアタイム）を定めるのが一般的です。
フレックスタイム制で時間外労働となるのは，清算期間内における実労働時間が清算期間における法定労働時間の総枠を超えた場合です。
事業場外労働のみなし労働時間制
事業場外労働のみなし労働時間制が適用される場合，通常は所定労働時間内（所定労働時間が８時間の場合は，８時間以内）で当該業務が終わる場合は，所定労働時間（８時間）労働したものとみなされます。通常は所定労働時間を超えて（例えば，１０時間）労働することが必要となる場合については，所定労働時間ではなく，当該業務の遂行に通常必要とされる時間（１０時間）労働したものとみなされます。法定休日に労働させれば休日割増賃金の支払が，深夜に労働させれば深夜割増賃金の支払が必要となることに変わりはありません。
「労働時間を算定し難いとき」という要件を満たすかが議論されることが多いですが，事業場外労働のみなし労働時間制の適用要件を満たしたとしても，通常所定労働時間を超えて（例えば，１０時間）労働することが必要となる場合には，当該業務の遂行に通常必要とされる時間（１０時間）労働したものとみなされますので，議論の実益がある場面は，当該業務の遂行に通常必要とされる時間を超えて労働させたような事例に限定されます。
他方，通常必要となる労働時間労働したものとみなして時間外割増賃金を支払ってさえいれば，「労働時間を算定し難いとき」という要件を満たさない等の理由から事業場外労働のみなし労働時間制の適用が否定されたとしても，発生した時間外割増賃金のほとんどをカバーすることができますので，残業代の追加支払のリスクを相当程度抑制することができます。
裁量労働制
労基法上の裁量労働制には専門業務型裁量労働制と企画業務型裁量労働制の２種類があります。いずれも労基法で定める要件を満たせば，実労働時間にかかわらず，みなし労働時間が１日の労働時間となるため，時間外割増賃金の請求に対し抗弁となり得ます。法定休日に労働させれば休日割増賃金の支払が，深夜に労働させれば深夜割増賃金の支払が必要となることに変わりはありません。いずれも適用対象業務が限定されており，労基法所定の要件を満たさなければ効力が生じません。
裁量労働制のみなし労働時間は所定労働時間みなしとすることが多いですが，実態に合ったみなし労働時間とすることをお勧めします。これは単に労基署対応が楽になるというだけの話ではなく，追加で残業代を支払わなければならなくなるリスクを相当程度軽減することができるという民事上のメリットがあります。例えば，実態として一日平均１０時間労働しているような場合に，裁量労働制が要件を欠き無効と判断された場合，所定労働時間みなしだと１日当たり２時間分の時間外割増賃金が未払となってしまいますが，１日１０時間みなしであれば，発生した時間外割増賃金のほとんどをカバーすることができるというメリットがあります。
管理監督者
労基法上の管理監督者に該当する場合は，労働時間規制の対象から除外されるため，時間外・休日に労働させても時間外・休日割増賃金を支払う義務はなく，深夜労働時間を把握して，深夜割増賃金を支払えば足ります。
管理監督者は，一般に，「労働条件の決定その他労務管理について，経営者と一体的な立場にある者」をいうとされ，管理監督者であるかどうかは，労働条件の最低基準を定めた労基法の労働時間等についての規制の枠を超えて活動することが要請されざるをえない重要な職務と責任を有し，これらの規制になじまない立場にあるといえるかを，役付者の名称にとらわれずに，実態に即して判断されることになります。
管理監督者性に関する裁判例としては，店長の管理監督者性を否定した日本マクドナルド事件東京地裁平成２０年１月２８日判決が著名ですが，『労働事件事実認定重要判決５０選』１４６頁以下において，西村康一郎裁判官（東京地裁民事１９部）は，「総店長」の管理監督者性を肯定した高裁レベルの判決であることぶき事件東京高裁平成２０年１１月１１日判決を中心に検討しています。
【『労働事件事実認定重要判決５０選』１５８頁（西村康一郎裁判官（東京地裁民事１９部）】
「管理監督者性が認められた裁判例は少ないのが実情であるが，肯定例の内容をつぶさにみると，いずれもさほど特異な例とは思われないし，行政通達で具体化された内容をみても，同様の印象を抱く。使用者側としては，どうせ管理監督者性は認められないから，などと過度に萎縮する必要はないものと思われるし，仮に管理監督者性が認められないとしても，裁判所に対し，企業の中での当該管理職の立ち位置を具体的に示し，その待遇としても十分なものが与えられていることを示すことは，付加金支払義務の関係においても意味のあることと思われる。使用者側としては，その意味で，企業内での当該管理職の序列なども十分立証して，裁判所の説得を試みるべきであろう。」
【ことぶき事件東京高裁平成２０年１１月１１日判決】
「管理監督者とは，一般には労務管理について経営者と一体的な立場にある者を意味すると解されているが，管理監督者に該当する労働者については労基法の労働時間，休憩及び休日に関する規定は適用されないのであるから，役付者が管理監督者に該当するか否かについては，労働条件の最低基準を定めた労基法の上記労働時間等についての規制の枠を超えて活動することが要請されざるをえない重要な職務と責任を有し，これらの規制になじまない立場にあるといえるかを，役付者の名称にとらわれずに，実態に即して判断しなければならない。
前記２に認定した事実によれば，第一審被告（昭和３９年○月生）は，平成８年４月に第一審原告に入社し，平成１３年ころには前任者のＡに代わって第一審原告の総店長の地位に就いた者であって，総店長に就任後は，①第一審原告において代表取締役である甲野（大正９年○月生）に次ぐナンバー２の地位にあったものであり，高齢の甲野を補佐して第一審原告の経営する理美容業の各店舖（リプル店を含めて５店舗）と５名の店長を統括するという重要な立場にあり（第一審被告もその陳述書（〈証拠略〉）において，各店舖の売り上げを伸ばすにはどうすればよいかを考える立場にあり，各店舗の店長達と目標や改善策を協議した結果を甲野に報告していたことを自認している。），②第一審原告の人事等その経営に係る事項については最終的には甲野の判断で決定されていたとはいえ，第一審被告は甲野から各店舗の改善策や従業員の配置等といった重要な事項について実際に意見を聞かれていたのであり（平成１７年４月のリプル店の開店に際しても，甲野はリプル店の開店計画について第一審被告の了解を得た上で初めてその計画を実行に移している。），③平成１６年１１月以降は毎月営業時間外に開かれる店長会議に甲野とともに出席しており，④その待遇面においても，店長手当として他の店長の３倍に当たる月額３万円の支給を受けており，基本給についても平成１６年４月に従前の基本給から１割が減額されて３９万０６００円となったとはいえ，少なくとも上記の基本給の減額前においては他の店長の約１．５倍程度の給与の支給を受けていたのであるから，第一審原告において総店長として不十分とはいえない待遇を受けていたということができるのである。
これらの実態に照らせば，第一審被告は，第一審原告の総店長として，名実ともに労務管理について経営者と一体的な立場にあった者ということができ，労基法に定められた規制の枠を超えて活動することが要請されざるをえない重要な職務と責任を有していて，これらの規制になじまない立場にあったものと認めることができるから，労基法４１条２号の管理監督者に該当するものと認めるのが相当である。これに反する第一審被告の主張は採用できない。
なお，第一審被告のリプル店における勤務の実際については，前記２に認定したとおり，通常は，リプル店の営業時間に合わせて，平日は午前１０時，土曜日と日曜日は午前９時に出勤（出店）し，午後７時半に退社（退店）していたことから，第一審原告ヘの出退社時間についてリプル店の営業時間に拘束されていたようにも受け取れるが，このことは，第一審被告がリプル店においてその店長（Ｂ）や他の従業員と同様に顧客に対する理美容業務をも担当していたことからくる合理的な制約であるから，第一審被告が管理監督者に該当するとの上記の判断を左右するものではないというべきである。」
労基法上の労働者
割増賃金の支払について定めた労基法３７条が適用されるのは，労基法９条の「労働者」ですから，労基法上の労働者に該当しない個人事業主等は，労基法３７条に基づき残業代を請求することはできません。他方，契約形式が請負や業務委託だったとしても，注文主等と「個人事業主」等との間に使用従属性が認められれば，「個人事業主」等は労基法上の労働者と評価され，労基法３７条に基づき残業代を請求することができることになります。
労基法上の労働者に該当するかどうかは，労基法上の労働者性に関する裁判例のほか，昭和６０年１２月１９日付け労働基準法研究会報告「労働基準法の『労働者』の判断基準について」を参考に，仕事の依頼，業務の従事の指示等に対する諾否の自由の有無，業務遂行上の指揮監督の有無（業務の内容及び遂行方法に対する指揮命令の有無等），拘束性の有無，代替性の有無，報酬の労務対償性，事業者性の有無（機械，器具の負担関係，報酬の額等），専属性の程度等の要素を考慮して判断することが多いです。
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